首先，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。其次，当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。
至于通知书的送达，用人单位应采取挂号信或ems形式，将通知书送达至员工信息登记的住址、身份证地址，或者经济联系人地址，并保存好回执。送达日期，以签收日期为标准。若员工不签收，或邮寄信被退回，用人单位应当完好保留邮寄信，如有争议发生，至开庭时方才当仲裁员的面打开邮寄信，以证明用人单位履行了通知义务和用人单位解除劳动合同的意愿。必要时，用人单位可以在报纸上登声明。
另外，如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。如果员工擅自离职 ，造成原公司损失的，公司可以要求员工赔偿损失。
无合同员工擅自离职，用人单位正确的处理方法是：
1、查清事实，取得证据。单位对职工所犯错误的事实应进行深入细致的调查取证，并且对所取得的证据要严格审核，以保证确凿无误，结论材料应与本人见面，允许其申辩，如确属于事实不符，应当纠正。
2、发出书面通知。单位可向劳动者发出书面通知（挂号信等形式），表明员工已经有多少天无故未到岗上班，限定员工在某个时间内回单位报道，否则将按旷工处理，单位将依据规章制度某某条与其解除劳动合同。
3、解除（终止）程序。给员工下发解除（终止）劳动合同通知书，（注明解除（终止）劳动合同的事由）。
如果劳动者是普通员工且处于试用期内自离，用人单位可以要求劳动者赔偿招聘费用、培训费用；如果正式员工自离给公司造成经济损失，用人单位可以要求赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
如果用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
综上所述，如果员工未签订劳动合同，自动离职可以要求用人单位支付经济补偿和未签订劳动合同的双倍工资。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第五十条
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。
用人单位依昭本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的在办结工作交接时支付，用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本至少保存二年备查。
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