总督，正二品，加兵部尚书衔，兼都察院右都御史衔，从一品，加兵部右侍郎兼都察院右副都御史衔，正二品。巡抚，从二品，加兵部侍郎衔，正二品。
总督官衔略高于巡抚，前期督权远过于抚，如两江总督按例兼辖江苏、安徽、江西三省，而末期安徽、江西两抚即不再听命于总督。
巡抚来历：
巡抚最早见诸于大明，由朝廷派出处理地方军政事务， 给予“巡抚某地等处地方提督军务兼理粮饷”的官衔。这个官衔 在初期都属于临时性的，事罢还朝，头衔自然也卸去。到了清朝，巡抚才正式成为地方最高行政长官。
巡抚是省级地方长官，总揽一省的军事、吏治、刑狱等事务。在鸦片战争以前，清廷在全国16巡抚，有：江苏、安徽、山东、 河南、山西、陕西、甘肃、浙江、湖北、湖南、广东、广西、云南、贵州、 江西、福建。直隶、四川两省只设总督，不设巡抚。
总督来历：
总督，中国明清地方军政大员。又称总制。正统六年(1441年)正月，明廷用兵麓川(今云南陇川西南)，兵部尚书王骥主其事，首次以总督军务入衔。分专务和地方两种。专务总督有总督粮储、总督河道、总督漕运等名，各以所辖专务为职，提督军务为辅。
明初常遣尚书、侍郎、都御史等官，至地方安抚军民，或主管兵事，事毕复命，名义或称巡抚，或称镇守。后以镇守侍郎与巡按御史不相统属，文移往来不便，乃定为都御史巡抚兼提督军务等名称(详见"巡抚")。所辖多重者加总督。
专务总督以所辖专务为职，提督军务为辅。地方总督多因防边或镇压人民而设，以所辖地区军务为主。正统六年(1441年)正月，首次以总督军务入衔。正统末至景泰初，地方亦多派总督。这些总督因事而设，事毕即撤。自成化五年(1469年)两广再设总督后，其职始专，近于定制。