首先，日文的读法分作音读和训读两种。
所谓音读，顾名思义，就是读中文传入日本时，与日文读音最像一个音，这种读法大多是用在固定搭配的词语上，尤其是由中文转变的词语。
训读，简单来讲，则是读那个字的意思。例如，日文里面有hiro这个音，表示多、大、宽等意思，可以写作宏、弘、博、宽等等……这么说好理解不？
至于你说的数字，我当时学的时候，老师解释的方法是，一种是比较现代的，另一种则是比较传统的。例如，三：三（san）、三つ（mitsu）、三か（mika），他们从根本上来说，分别表示三，三个，三天，是有区别的。但是有时候会有疑问说，三个和三天说成sango和sannichi就可以了啊……从理论和实际上都是可以的。但是，这种说法不本土，所以，你记着后两种说法是日本特有而且很本土的说法就可以了。要是想要显得日文很地道就好好学一下，要是无所谓这倒不是很重要的东西。
最后，是的。
尤其日文很多长短音、拨音、清浊音的问题会根据人的语速不同和地方不同而有变化，而且日文会有口语浊化现象，这点要注意。
但是这个并不可怕，最终来说，掌握了语法和单词，就能够从上下文了解到他实际表达的词语了。因为就算是中文想必也不可能出现不听错的现象吧，这点日文也是一样的。
虽然罗嗦了一点，但是希望能够对你有帮助。
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