毕业证是不一样的。南昌大学抚州校区更好。
一、办学历史差异
1、南昌大学抚州校区：南昌大学抚州医学院，即南昌大学抚州校区（以下称学院），该院坐落在著称的历史文化名城——抚州市，学院办学历史可以追溯到创办于1958年的赣东大学医疗系，2014年正式更为此名。
2、赣南医学院：学校前身是创办于1941年的江西省立赣县高级助产职业学校，1958年设置专科建制的赣南医学专科学校，1988年升格为本科院校并更名为赣南医学院。
二、师资力量差异
1、南昌大学抚州校区：有362名专任教师，其中博士32人，硕士158人，博士和硕士研究生占教师总数的52%；副高以上专业技术职称的教师占教师总数67%。
2、赣南医学院：学校有专任教师846人，具有高级专业技术职务的专任教师数520人。教育部高等学校教学指导委员会委员3人，享受国务院和省政府特殊津贴专家13人，入选“赣鄱英才‘555’工程”7人。
三、教学建设差异
1、南昌大学抚州校区：为了更加全面、及时、准确地了解教学状况，提高教师的课堂讲授水平和教学质量，学院全面开展了网络辅助教学、学生评教、专家评教相结合的课堂授课质量评价工作。一系列教育改革举措取得了良好成效，学院教师在国内外学术杂志上发表论文千余篇，编写和出版教科书及论著近百部，完成科研项目50余项。
2、赣南医学院：学校有国家特色专业2个，国家级一流专业建设点2个，江西省一流专业建设点8个；有教育部、卫生部卓越医生教育培养计划等部级项目2项，教育部专业综合改革试点项目1项。
以上内容参考百度百科——南昌大学抚州校区
以上内容参考百度百科——赣南医学院
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