结肠易激综合征由于本征的病因及临床表现因个体不同而存在较在差异，故治疗时应遵守个体化原则，针对患者病情，制定出灵活的治疗方案。现将临床常用的治疗方法介绍如下：
药物治疗结肠易激综合征：
本征的药物治疗应慎重，避免滥用药物。在部分患者，可能任何药物都无效。
阿米脱林
以腹痛为主者，除常规使用阿托品、颠茄类外，可用钙通过阻滞剂异搏停或硝苯吡啶10mg舌下含化或口服，每日3次，以减轻腹痛和排便次数。
可用抗胆碱能拮抗剂溴化赛米托品（cimetropin bromide）50mg餐前；亦可用易蒙停(imodin)2mg，每日3次，腹泻严重者可适当用小剂量磷酸可待因15mg，每日3次，或选用氯苯哌酰胺。
以便秘为主者：大便干硬时可服石蜡油20ml，每日3闪，或服用蓖麻油10-20ml，每日3次，或番泻叶5～10g泡水饮服；亦可用开塞露、甘油栓塞入肛内；对于便秘时间长，但大便不干硬者，可用胃肠动力药吗叮啉（多潘立酮）10mg，每日3次，或西沙必利10mg，每日服3次。
IBS患者如为粘液便，可用消炎痛25mg，每日服3次，以抑制前列腺素合成，减少粘液分泌。
菌群失调者可用促菌生2.5g，每日服2次，或双岐杆菌乳剂，每次服50ml，或丽珠肠乐，成人口服每次1～2粒，早晚各服1次，儿童酌减，重症加倍。
中医药治疗结肠易激综合征：
脾胃虚弱型：症见餐后即泻，大便时溏时泻，夹有粘液，便次增多，腹痛隐隐，肛门坠胀，脘闷不舒，纳差肢倦，面黄无华，知淡、苔白，脉细弱缓。治以健脾益气、和胃渗湿。
脾肾阳虚型；症见清晨泄泻，便下清稀，完谷不化，便后腹痛不减，腰膝酸软，形寒肢冷，舌淡胖、苔白，脉沉细迟。治以温补脾胃、固涩止泻。
肝郁气滞型；症见腹痛便秘，欲便不畅，便下艰难，后重窘迫，脘腹胀闷，胁肋胀满、窜痛、矢气可缓，恼怒忧虑易发，喛气呃逆，纳差，苔薄，脉弦细。治以顺气行滞，降逆通便。
肝脾不和型：常因恼怒或神紧张而发病或加重。症见肠鸣矢气，腹痛即泻、泻下不多、泻后痛缓，伴少腹拘急、胸肋胀满、喛气少食、便下粘液等。舌淡红、苔薄白，肪弦细。治以抑肝扶脾、调和气机。
瘀阻肠络型：症见泄泻日久，大便粘滞，或干或溏，泻后不尽，腹部刺痛，痛有定处，按之痛甚，面色灰滞。舌质暗红或紫暗，脉弦细涩。治宜化瘀通络，和营止痛。
理疗针炙等：腹部按摩、热敷、超短波等可减轻症状，针炙可取足三里、关元、气海、中脘、三阴交、胃俞、大肠俞。此外，气功疗法对本病亦有疗效。
随症用药
腹痛甚者用元胡，或重用白芍（30-60g）；痛欲大便者用妙防风、陈皮；痛有定外兼瘀血证者用失笑散。气
滞腹胀者选煨木香、陈皮、枳壳、川楝、青皮；腹胀大便不爽者选蚕矢、大腹皮、枳壳、槟榔；虚寒肠鸣腹胀甚者用毕橙茄、小茴香；胸脘痞闷用枳壳。
大便粘液多者选白头翁、红藤、败酱草、公英、苍术、胡黄连、土茯苓；五更泄中，肾泄用补骨脂、肉豆蔻，脾泄用白芍、炒防风；一般腹泻用炒白术、神曲，水淀用炒苡仁；虚泻、久泻、滑泻不止者选用煨诃子、煨肉果、五倍子、五味子、肉豆蔻、赤石脂、乌梅、石榴皮、禹余糖，甚者用罂粟壳，但须中病即止。
肾阳虚甚者用附子、肉桂、仙灵脾，脾阳虚甚者用炮姜、桂枝便秘一般选用栝楼仁、郁李仁、炎麻仁、槟榔，阳虚但秘者用内苁蓉。久泻伤阴选用沙参、石斛、云苓，或生用白芍、乌梅；气虚甚者用黄芪、党参、白术、炙甘草；肛门下坠气虚下陷者用生黄芪、升麻、柴胡，肛门下坠里急后重者用木香、槟榔；肛门滞重排便不尽者用积实；肠有湿热者用秦皮、黄连、厚朴；纳差、消化不良者用鸡内金、焦山楂、神曲等。
