中医理论是中医药学术领域中的核心内容，是指导中医临床的原理和法则。中医理论研究已经成为中医学发展的突破口，成为中医现代化研究的瓶颈。当前，对中医理论研究现状的评价，基本上是这样的模式：中医理论的研究取得了一定的成绩，但总体上来说，对中医的理论研究，尚未取得突破性的成果与进展，值得我们很好的深思。
其实，每一个热衷于中医学研究工作者们都在认真思考：中医理论应如何研究？不能取得突破性的成果与进展的原因是什么？怎样才能取得突破性的成果与进展？因此，笔者拟从“突破性成果”入手，逐步阐述中医理论研究的方向。 从上述对中医基础理论研究的评价中不难看出，“取得突破性的成果”，是当前人们对中医理论研究寄予的最为迫切，并且不甚明了的美好愿望。之所以说“不甚明了”，是因为“突破性成果”就象小孩子常要的“好吃的东西”，个体差异非常大，针对其对症下药之难不说，其结果也如同中医的疗效难以得到公认。目标决定战略，因此在确立中医理论的研究方向之前，首先应该明确中医理论研究的目标，由此确立公认的“突破性成果”。
关于中医理论研究的目标仁者见仁，智者见智，众说纷纭，而有一项研究结果不能不提。1999年国家科技部和国家中医药管理局联合开展了《中医现代化科技发展战略研究》软课题研究，全国百十余位专家、学者参加了十余次研讨会，分析了如今医学领域面临的问题和挑战，提出了21世纪中叶，中医现代化的课题发展战略指导思想和目标。其中，2001年－2015年，中医基础理论的研究有两个阶段目标：⑴2001—2005年的阶段目标是“中医基础理论的继承与创新。对证候、藏象、经络、治则、方剂及中药基础理论进行系统整理，深入挖掘和研究，抓住其理论精髓，揭示其深刻内涵，加强其在防病治病中的指导作用。在专业术语统一、概念内涵清楚、理论层次明确的基础上，运用现代科学理论、方法，探索其科学基础，创立新的学说，使中医学基础理论得到发展和创新，丰富现代生命科学的内容和研究领域。”⑵2006－2015年阶段目标是“初步完善现代中医理论体系。中医学必须突破原有构架，通过继承、移植与创新，充分阐明理论的科学内涵，使其在理论和实践上获得更新与提高，从经典中初步完善为现代中医学理论体系。并使中医学随着社会医疗保健的需求和疾病谱、医学模式及生态环境的变化，从大量新事实、新经验的积累中进行理论的总结与升华，产生新理论，实现对传统的超越”。此项研究的初稿经过数十位两院院士、名老中医及重点中医院校、院所的专家、学者审阅、修改、数易其稿。在2001年5月通过了专家组的验收，给予了较高的评价。可见其研究结果的科学性、权威性是不容质疑的。
简而言之，创立新的学说，使中医学基础理论得到创新，突破原有构架，使其完善为现代中医基础理论体系是中医基础理论研究的近阶段目标。换句话说，现代中医学理论体系的建立可以说是中医理论具突破性研究成果的最终体现形式。 现代中医学理论体系的特征是决定当前中医理论研究是否为“突破”的衡量标准。当现代中医学理论体系将会是什么样还在争论不休，人人衡量标准不统一的时候，盲目追求“突破”是急功近利的表现，浪费财力而毫无意义。只有我们确定了明确的方向，并向此方向进行扎扎实实的工作，才会取得真正的“突破”。
传统中医学理论体系（与现代中医学理论体系相对而言）比较全面的得以阐述，其现存最早的中医学文献典籍是《黄帝内经》。《内经》反映出了中医学的理论原则和学术思想，为中医学的发展奠定了基础。《内经》理论体系包括阴阳学说、五行学说、藏象、经络学说、病因病机学说、病证、诊法、治则治法、养生、运气学说。中医学发展史上所出现的许多著名医家和医学流派，从其学术思想和继承性来看，基本上都是从《内经》理论体系的基础上发展起来的，因此把《内经》尊之为“医家之宗”。那么什么是“现代中医学理论体系”？从字面上来看，对“现代”的认识是理解“现代中医学理论体系”的一把钥匙。《汉语辞典》中“现代”指的是“如今这个时代（中国多指 1919 年~至今）”，既然中医理论体系研究迄今无突破性成果，当前的中医理论体系是称不上“现代中医学理论体系”的，因此这肯定不是现代中医学理论体系中“现代”的涵义。以“现代医学”泛指西医学相比较，现代中医学理论体系较为接近的涵义应当是现代化的中医学理论体系，因为“现代化”的涵义为“使具有现代先进科技水平”，也就是要建立一个具有现代先进科技水平的中医学理论体系。这样的理论体系将具有什么样的特点，与现今的中医理论体系将有何区别与联系，其理论将用什么术语阐述，其科技水平的先进性将用何衡量标准……等等，有关“现代中医学理论体系”，其刻画、描述得越详细，宏伟蓝图展现在眼前，中医理论的发展就会有明确的奋斗目标，中医理论的研究工作也不会失去重心，同时也会更有动力。 “现代中医学理论体系”要在“突破原有构架”中建立起来，那么什么是中医学“原有构架”，这也是要研究的课题之一。旧的框框、死的框框在哪里都不清楚，就不会有的放矢，更谈不上突破，也就是在“认识自我”之后，方可达到“突破自我”。而建国以来，中医基础理论研究领域存在的突出问题，主要表现在：对古典中医学文献中的学说和观点的整理研究，基本处于分散、自发状态，未能统一规划；缺乏对中医基础理论学术内涵和内在科学规律的深入探索和系统研究，未能按科学范式进行学科建设，对中医基础理论进行规范化整理，以致在相当程度上存在着内涵模糊、概念不清、其说不一等缺欠，因此中医基础理论研究的首要任务是深化中医基础理论学术内涵，由此促进中医基础理论总体学术水平的提高。
另外，还需要研究的是，中医学的原有构架中保留什么？保留到什么程度，建立起来的现代中医学理论体系，还称得上是中医学理论？也就是继承什么的问题。关于这一点，当前的认识是只要坚持了中医特色，不管采用什么理论、方法和技术来进行中医研究、发展中医，都是推动中医学术的发展。换句话说，中医学的继承其最基本的要求是要保留“中医特色”。“中医特色”是什么？“中医理论体系的特色”是什么？在中医理论研究中，这些问题归根到底还是对中医理论体系的认识与评价问题。只有在全面、深刻认识中医理论体系的基础之上，进行客观的、非学术价值观导向性的评价，才能准确概括出中医理论体系的特征。
而更棘手的问题是，对于与现代科学格格不入的某些中医理论体系的特色，我们将进行怎样的处理？比如，有学者指出：中医原有的理论体系已经在许多方面暴露出缺陷和不足，甚至严重滞后了中医的发展。其表现之一是哲学指导思想和认识方法上存在的缺陷。来源于古代哲学的阴阳和五行学说构成了中医基础理论的框架的指导意义随着其自身缺陷的暴露而受到置疑。而另有学者指出：“中医特色在基础理论方面，是以阴阳五行体系为指导的脏腑经络学说、精气神学说和天人相应学说为依据”。总之，“当前中基理论面临的危机，与中基理论自身的某些特点是密切关联的，当然也与人类科学的发展，尤其是现代医学对中医的影响和渗透有关。但后者起到的仅是一种对危机的触发作用”。因此建立一个具有中医特色的与现代科学相统一的新的理论体系，在研究中医基础理论的本质基础之上，研究如何正确处理中医特色与现代科学之间的关系是至关重要的课题。 第三中医哲学观:相似观（分形观).
第二中医哲学观--辩证观
第一哲学观---整体观 阴阳分形集，五行分形集，经络分形维数
