含山县地处马鞍山市与省会合肥对接前沿，交通便捷，区位优势明显。是东向发展、合肥都市圈、南京经济圈、江北集中区的交集之地。境内丘陵、圩区相间，交通以公路为主，兼有内河航运和铁路。公路有“三横一纵二高”，善尉路在北，省道S105路居中，巢二路（合裕路）在南，大江路（省道226线）纵贯全县，合巢芜高速公路横穿县南部四镇，北沿江马巢高速公路终于含山县林头镇卧虎村附近，与合芜高速公路交叉，在含山境内设含山南互通立交，于2013年12月31日建成通车。初步形成以含城为中心的公路交通网络。截至2010年，全县公铁水路总里程1498公里，其中：铁路25公里，高速公路26.7公里，省道82.9公里，重要县道36.2公里，县道183.1公里，乡道238.5公里，村道851.8公里，内河航道54公里。在建交通重点项目有：合福高速铁路、运漕裕溪河大桥。即将建设的重点交通项目有：商合杭铁路。
2014年内开工的商合杭铁路将在含山县设站，设到发线4条（含正线），侧式站台2座，站房面积2400平方米。据了解，该站具体位于含山县铜闸镇山马村以东，距凌家滩文化遗址约2.5公里，太湖山国家森林公园约6公里。北距巢湖东站22.5公里，南距芜湖北站21.4公里。车站按中间站设计，近期通过能力为高速列车109对，远期通过能力为132对。商合杭铁路途经含山县清溪、林头、铜闸、运漕4个镇，长度约31公里。
全县共有含山汽车站、含城中心、城南、城西以及塔岗、运漕、仙踪等7座客运站，客运企业包括锦江公交公司共5家，登记物流企业2家。县内线路 42条（包括36条村村通班线），跨县线路 12条，跨省线路8条，县城公交营运线路 4条。在籍客运班车470辆6838座，出租车362台，货车1080辆。含城到各镇均有班车通行，人员流动量大的村都通了村村通班车，初步形成以县城和集镇为中心的半小时“交通圈”。
