办公厅
主任：吴远彬
副主任：马连芳（正局级）、李桂华、邓小明
承办国家科技教育领导小组交办的有关工作；负责有关重要文件起草、调研工作；负责会议组织、文电处理、秘书事务、文书档案管理和信访、保密等政务工作；负责科技宣传和新闻发布工作。围绕部中心工作，开展软科学研究。
下设：1、综合处（信访处）2、秘书处（督查处）3、调研一处 4、调研二处 5、文电档案处 6、宣传处（新闻办公室）7、行政管理处 8、机关财务处
人事司
司长：李平
副司长：蒋苏南、孙晓明
按照干部管理权限，负责部机关及直属单位的干部队伍建设和有关人事、机构编制工作；负责驻外科技干部的选派与管理等工作。
下设：1、综合与培训处 2、干部处 3、国外干部处 4、机构与劳资处
政策法规与体制改革司（创新体系建设办公室）
司长：徐建培
副司长：徐建国、翟立新、林新
研究全国科技工作、科技与经济结合的方针和政策，创造有利于科技成果转化的环境；组织研究科技体制改革的总体规划和政策措施，指导、推动部门和地方科研院所的体制改革工作；研究起草有关科技法律、法规，研究提出加强有关科技知识产权保护、技术合同仲裁、科技咨询等工作的政策措施；研究科技人员有关政策，推动科技管理干部培训及科普工作；对科研机构的组建和调整进行审核。
下设：1、综合与政策处 2、法规与知识产权处 3、体制改革与创新体系处 4、人才与科普处 5、技术创新协调处
发展计划司
司长：王晓方
副司长：叶玉江、刘敏、蔡文沁
研究科技发展战略，组织编制中长期科技发展规划；组织编制国家各项科技发展计划、科技开发计划指南和国家工程中心等科技基地组建计划；提出国家各项科技计划的协调、综合平衡和经费配置的建议。研究提出科技成果登记、评价、鉴定、奖励、保密、技术市场、技术出口等政策、条例和管理办法；参与编制国家重大科学工程的建设规划；管理国家级高新技术重点新产品工作；负责科技统计工作。
下设：1、综合与规划处（科技保密办公室） 2、计划协调处 3、高技术研究发展处 4、科技攻关处 5、平台基地处 6、区域科技发展处 7、评估统计处
科研条件与财务司
司长：张晓原
副司长：戴国庆、吴学梯
研究多渠道增加科技投入的政策措施，负责开辟科技经费渠道、筹措科技资金；负责编制归口管理的科学事业费、科技“三项费”和科技外事经费等有关费用的预、决算；推动科技经费的财务改革和财务会计制度的实施工作，对经费的使用管理进行监督；研究科研条件保障方面的方针、政策和规划；负责科技期刊管理工作；编制和管理机关基建计划；监管直属单位的国有资产。
下设：1、综合处 2、条件处 3、经费预算处 4、财务资产处 5、会计与监督处
国际合作司（港澳台办公室）
司长：靳晓明
副司长：姚为克、马林英、续超前、陈霖豪
研究国际科技合作的方针、政策及有关规章、制度；组织实施政府双边和多边及有关国际组织之间的科技合作计划、官方科技合作协议等外事工作，审核与协调重要民间科技合作交流项目；组织实施外国政府、国际组织有关对华科技援助和我国对外科技援助；指导驻外科技机构工作，联系外国政府和国际组织的驻华科技机构，联系对香港、澳门特别行政区及台湾有关科技工作。
下设：1、综合与计划处 2、国际组织与会议处 3、美大处 4、亚非处 5、欧洲处 6、政策研究与驻外指导处 7、欧亚处
基础研究司
司长：张先恩
副司长：彭以祺
研究国家基础研究的发展战略、方针和政策；组织提出国家重点基础研究发展规划、实施基础研究重大项目前期研究专项；组织推荐和实施国家重大科学工程及重点基础研究基地建设；规划并指导国家重点实验室的建设；推动基础研究机构的科技体制改革工作；承办基础研究的有关工作。
下设：1、综合与基础性工作处 2、基地建设处 3、重大项目处 4、重大科学研究计划处
高新技术发展及产业化司
司长：赵玉海
副司长：胡世辉、陈家昌、杨咸武
研究工业领域高新技术发展及产业化的方针政策；组织提出工业领域高新技术发展规划和计划；组织实施信息、自动化、能源和新材料等领域高新技术研究发展计划；组织实施工业领域国家重大科技攻关计划和科技创新工程；承担国家级高新技术产业开发区及科技企业孵化器的宏观管理工作；推动工业领域的科技体制改革工作和生产力促进中心等技术服务体系的建设。
下设：1、综合与计划处 2、能源处 3、交通处 4、信息与空间处 5、先进制造与自动化处 6、材料处 7、工业发展处
农村科技司
司长：陈传宏
副司长：王喆、郭志伟
会同有关部门研究提出科技促进“三农”发展的方针政策；研究提出农业科技发展的战略部署、优先发展领域和关键技术；指导和组织国家重大农业科技攻关计划的实施工作；指导高技术研究计划现代农业领域实施工作；组织实施星火计划、农村科技产业化环境建设和重大科技产业促进工作；指导和管理农业科技成果转化资金实施工作；协调指导农业科技园区发展；指导和组织农村科技服务体系建设、农村科普、科技扶贫等工作；处理农业科技领域重大应急事务和突发事件；推动相关领域的科技体制改革工作。
下设：1、综合计划处 2、农业科技处 3、产业科技处 4、基层科技处
社会发展科技司
司长：马燕合
副司长：杨哲、田保国
会同有关部门研究提出人口、资源、环境、医药 卫生、公共安全、城镇化与城市发展以及生物技术等社会发展领域的科技规划、发展重点和政策措施；组织实施上述社会发展领域的科技攻关计划；组织实施海洋、资源环境、生物与医药等高技术研究发展计划；协调指导气候变化等全球环境科技工作并组织实施相关清洁发展机制合作项目；推动相关领域的科技体制改革工作；指导部门和地方开展社会发展科技工作。
下设：1、综合与社会事业处 2、资源与环境处 3、生物技术与医药处 4、社会事业处
机关党委
常务副书记：王俊明
副书记兼纪委书记：董三多
负责部机关和在京直属单位的党群工作。
下设：1、办公室（工会）2、组织与宣传 3、团委与青联
离退休干部局
局长：廖杰平
副局长：李永葳
贯彻党中央、国务院有关离退休干部工作的方针、政策,并根据离退休干部统一管理,待遇分开的原则,具体拟定本部门的实施办法。
组织离退休干部阅读、学习文件和参加政治活动。负责离退休干部的医疗保健、生活福利、休养和用车等服务的安排。有组织有领导地发挥离退休干部在社会主义两个文明建设中的作用。 会同有关部门办理离退休干部的丧葬和善后处理事宜。 负责对直属单位的离退休干部工作进行检查指导,并转发和传达有关文件。承担部门交办的其他有关离退休干部工作的事宜。 下设：1、综合处 2、党委办公室 3、生活服务处 4、文体管理处
重大专项办公室
主任：许倞
副主任：金奕名
会同有关方面拟订科技重大专项实施办法，审核实施计划，提出综合平衡、方案调整和相关配套政策建议，跟踪和监督实施，协调解决重大问题，组织评估和验收；负责相关综合信息管理。
下设：1、综合协调处；2、监督评估处；3、业务管理一处；4、业务管理二处
直属事业单位
国家科学技术奖励工作办公室、中国科学技术信息研究所、科学技术部科技人才交流开发服务中心、科学技术部机关服务中心（科学技术部机关服务局）、科学技术部专家公寓、科学技术部长岛培训中心、中国农村技术开发中心、科学技术部火炬高技术产业开发中心、中国技术市场管理促进中心、科学技术部科技型中小企业技术创新基金管理中心、中国生物技术发展中心、科学技术部高技术研究发展中心（科学技术部基础研究管理中心）、科学技术部知识产权事务中心、科学技术部信息中心、国家遥感中心、科学技术部科技经费监管服务中心、中国国际核聚变能源计划执行中心、中国科学技术发展战略研究院、中国科学技术交流中心（中日技术合作事务中心）、科学技术部海峡两岸科学技术交流中心、科学技术部上海培训中心、中国21世纪议程管理中心、国家科技基础条件平台中心、科学技术部科技评估中心、国家科技风险开发事业中心、代管：科技日报
