一、依据不同：工程竣工决算审计依据《
审计法》和
审计署发《基本建设竣工决算审计工作要求》进行；工程造价审核主要是根据国家有关法规和政策，依据国家建设行政主管部门颁发的工程定额工料消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，工程造价的确认和控制进行有效的监督检查。
二、标的不同：工程竣工结算审计以基建项目为标；工程造价审核以单位工种为标。
三、从业人员不同：工程竣工结算审计以会计师、审计师为主；工程造价审核以工程经济和工程技术人员为主。目前国家正在实行
注册造价工程师制度，今后的工程造价审核，将以造价工程师为主。
四、法律效力不同：工程竣工结算审计机关和被审计单位是一种审计行政法律关系，审计机关的审计监督只对被审计单位产生法律效力，对其它单位不产生连带法律约束力；而工程造价审核中的
工程结算审核，以施工承包合同为基础．以承发包双方发生的实物交易为依据，按照国家或地方施工工、料、机消耗标准进行核算，对双方有约束力。
五、目的不同：工程竣工结算审计的目的是加强对
公有制投资者资金进行有效的控制，减少投资者滥用职权截留资金，转移资金于
小金库，造成建设资金流失，实施违法违规行为。其职能是一种监督行为；工程造价审核的目的是运用科学、技术原理和经济
法律手段，解决工程建设活动中工程造价的确定与控制，从而达到提高投资效益的经济效益目的的行为，是确定造价的实施过程和行为。