大肠中有许多细菌。细菌中含有的酶，能使食物残渣和植物纤维分解。其中有益物质由肠壁吸收，有害物质则呈大便形式排出体外。大肠内细菌还能利用肠内较简单的物质，合成复合维生素B和维生素K，它们由肠壁吸收后对人体具有营养作用和凝血功能。据估计，粪便中死的和活的细菌约占粪便固体总量的20％～30％。肠道内正常生长的细菌还有抑制致病微生物的作用。有些长寿老人，由于膳食结构的关系，他们大肠中的正常寄生菌较多，因而致病菌较少。学者解释这种情况是长寿的重要因素之一。‘酸牛奶和乳酶之所以有益于健康，原因就在于其中的乳酸杆菌可以抑制致病菌的生长和繁殖。不适当地使用抗生素，会大量杀灭肠道内正常的寄生菌，其后果往往会导致真菌性肠炎，原因便是肠道菌丛的改变。
细菌主要由细胞膜、细胞质、核糖体等部分构成 ，有的细菌还有荚膜、鞭毛、菌毛等特殊结构。绝大多数细菌的直径大小在0.5~5μm之间。并可根据形状分为三类，即：球菌、杆菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺杆菌）。按细菌的生活方式来分类，分为两大类：自养菌和异养菌，其中异养菌包括腐生菌和寄生菌。按细菌对氧气的需求来分类，可分为需氧（完全需氧和微需氧）和厌氧（不完全厌氧、有氧耐受和完全厌氧）细菌。按细菌生存温度分类，可分为喜冷、常温和喜高温三类。细菌的发现者：荷兰商人安东·列文虎克。
细菌（英语：Bacteria）是生物的主要类群之一，属于细菌域。细菌是所有生物中数量最多的一类，据估计，其总数约有 5×10个。细菌的个体非常小，目前已知最小的细菌只有0.2微米长，因此大多只能在显微镜下看到它们。细菌一般是单细胞，细胞结构简单，缺乏细胞核、细胞骨架以及膜状胞器，例如线粒体和叶绿体。基于这些特征，细菌属于原核生物（Prokaryota）。原核生物中还有另一类生物称作古细菌（Archaea），是科学家依据演化关系而另辟的类别。为了区别，本类生物也被称做真细菌（Eubacteria）。
细菌广泛分布于土壤和水中，或著与其他生物共生。人体身上也带有相当多的细菌。据估计，人体内及表皮上的细菌细胞总数约是人体细胞总数的十倍。此外，也有部分种类分布在极端的环境中，例如温泉，甚至是放射性废弃物中，它们被归类为嗜极生物，其中最著名的种类之一是海栖热袍菌（Thermotogamaritima），科学家是在意大利的一座海底火山中发现这种细菌的[5]。然而，细菌的种类是如此之多，科学家研究过并命名的种类只占其中的小部份。细菌域下所有门中，只有约一半能在实验室培养的种类。
