由于城乡和区域差距，城市里的大学生有下基层实践锻炼的需求，为了使支教真正为山区教育和山区青少年带来实处，合理的支教课程设置是必不可少的。
大学生支教课程设置的目标是设置农村孩子急需的，但是在现实生活中很少接触到的，学校教育也很少涉及，并且对孩子的身心发展和未来发展有重要意义的知识，同时尽量避免支教课程对学校教育的干扰和负作用。山区学生希望短期支教涉及音体美等兴趣课，同时多涉及一些平时上课比较欠缺、不太重视的内容，如音体美、生活知识、人文知识等。受支教学校老师认为学生更需要的是学习的能力、良好的品质、习惯和健康的心态。
大学生山区支教可以开设下列较为新颖的课程
1.心理健康课程
山区其中的留守儿童比较多，健全心理素质的培养是从根本上解决山区儿童心理问题的基本途径。山区学生的心理健康总体水平明显低于城市青少年学生，其差异性达到了显著或非常显著的程度，主要在学习压力、情绪不稳定、适应不良、人际关系、强迫症等心理症状上存在的问题较多。大学生支教团队应将心理健康教育课程设置为特色课程，包括自我意识、青春期生理卫生教育、情绪管理、人际交往（家庭关系、同伴关系）、批判性思维、心理游戏、有效的学习方式等。
2.实用课程讲解
可以传授基本生活常识、城市规章制度、法律常识等为主要内容的引导和教育，大学生支教应提供一些有利于山区城市融入城市的实用性知识，包括社会公德、城市社交礼仪、网络安全、职业规划指导、理财知识、法律案例等有利于农村青少年的长远发展。
3.人文艺术类课程
陶冶青少年情操的人文艺术类课程人文精神是蕴含在人文社会科学中的对人的存在、尊严、价值和意义的关怀， 是一种以人为中心的思想， 是在人类精神文化的发展过程中凝结而成的人的价值理性、道德情操、理想人格和精神境界， 包含着信念、理想人格和道德等，是整个人类文化生活的内在灵魂。目前山区学校教育集中于应试，忽略了人文艺术类课程的学校，使很多孩子在学校接触不到人文艺术类知识，因此，在支教期间设置包括文学欣赏、美术、音乐等人文艺术类课程，使农村青少年能有相应的启蒙教育将对他们一生的幸福奠定基础。