东南大学的数学系设有多个专业和研究机构，包括应用数学、基础数学、概率与统计、计算与运筹以及高等数学等5个教研室，以及数学、应用数学、应用概率统计和金融统计4个研究所。其中，数学系拥有深厚的学术底蕴，设置了数学博士后流动站，以及应用数学博士点、应用统计硕士专业学位点和覆盖应用数学、概率论与数理统计、运筹学与控制论、基础数学和计算数学五个领域的数学一级学科硕士点。
在学科建设和科研方面，东南大学数学系的成绩逐步提升，展现出强大的实力。2006年，全国数学一级学科排名中，该系位列全国第23位，显示出其在全国数学教育和科研领域的显著地位。其中，应用数学更是被评为江苏省的重点学科，体现了其在该领域的领先地位。
科研成果方面，数学系积极承担国家自然科学基金项目，曾在2019年两次荣登全国高产机构的行列，显示出其在国际学术交流中的活跃度和影响力。在各类奖项上，该系屡获佳绩，曾获得教育部科技进步奖的二、三等奖，中国高校自然科学二等奖，以及国家统计局优秀科技成果一等奖，这些都是对其科研实力和贡献的肯定。
东南大学数学系创建于1921年，著名数学家熊庆来先生从欧洲学成回国，于当年秋开创东南大学算学系，并任系主任。1952年院系调整后，从基础科学系，数学力学系，应用数学系直至发展为以教学科研并重、多学科全面发展的、师资力量雄厚的东南大学数学系。