黄河河口管理办法的第五章着重于河道整治与建设的管理规定。首先，对于黄河入海的河道整治与建设，依据的是黄河河口综合治理规划或黄河入海流路规划，严格遵循国家防洪标准和技术要求，确保工程的科学性和安全性（第二十二条）。
其次，针对这些重要的河道治理工程，黄河水利委员会及相关管理机构将其纳入国家基本建设计划，按照严谨的基本建设程序进行统一管理和实施，确保工程的有序进行和高效完成（第二十三条）。
黄河河口管理机构还负责根据规划，对现有的清水沟河道进行定期清淤疏浚，以保持其畅通，延长其使用寿命，这是对现有河道资源的有效维护和优化（第二十四条）。这样的管理措施旨在保护和提升黄河河口的生态环境，确保其长期稳定地服务于沿岸社区和整个黄河水系。
《黄河河口管理办法》已经2004年10月10日水利部部务会议审议通过，现予公布，自2005年1月1日起施行。