食品许可证的办理流程是： 1、向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门申请食品经营许可，提交以下材料： （1）食品经营许可申请表； （2）营业执照原件及复印件； （3）经营者的身份证原件及复印件； （4）经营者及从业人员健康证原件及复印件； （5）食品安全管理人员身份证复印件及培训证明资料； （6）经营场所周边环境图、平面布局图。 2、食品药品监督管理部门审查申请材料、现场核查，对材料不全的，通知补充； 3、符合条件的，作出准予经营许可的决定，并自作出决定之日起10个工作日内向申请人颁发食品经营许可证。
《食品经营许可管理办法》第十二条 申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料： （一）食品经营许可申请书； （二）营业执照或者其他主体资格证明文件复印件； （三）与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件； （四）食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。 利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。 《食品经营许可管理办法》第十六条 县级以上地方食品药品监督管理部门应当对申请人提交的许可申请材料进行审查。需要对申请材料的实质内容进行核实的，应当进行现场核查。仅申请预包装食品销售（不含冷藏冷冻食品）的，以及食品经营许可变更不改变设施和布局的，可以不进行现场核查。现场核查应当由符合要求的核查人员进行。核查人员不得少于2人。核查人员应当出示有效证件，填写食品经营许可现场核查表，制作现场核查记录，经申请人核对无误后，由核查人员和申请人在核查表和记录上签名或者盖章。申请人拒绝签名或者盖章的，核查人员应当注明情况。食品药品监督管理部门可以委托下级食品药品监督管理部门，对受理的食品经营许可申请进行现场核查。核查人员应当自接受现场核查任务之日起10个工作日内，完成对经营场所的现场核查。 《食品经营许可管理办法》第十七条 除可以当场作出行政许可决定的外，县级以上地方食品药品监督管理部门应当自受理申请之日起20个工作日内作出是否准予行政许可的决定。因特殊原因需要延长期限的，经本行政机关负责人批准，可以延长10个工作日，并应当将延长期限的理由告知申请人。 《食品经营许可管理办法》第十八条 县级以上地方食品药品监督管理部门应当根据申请材料审查和现场核查等情况，对符合条件的，作出准予经营许可的决定，并自作出决定之日起10个工作日内向申请人颁发食品经营许可证；对不符合条件的，应当及时作出不予许可的书面决定并说明理由，同时告知申请人依法享有申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。