首先题主这个问题真的很大，精修一下是一个大课题，花几年的时间才够细细研究的，我当然没这么大本事花几天就解决了，所以我认为我这是个非常粗浅的回答。给题主分享一些我目前的看法（之所以是目前，因为我会保持着学习和成长的，好的）。以下仅供参考。
下面我所说的，都建立在这个基本观点上：中、西医不应当割裂开来对待和发展。人体的运行规律大都是一致的，不会因为人为的研究方式不同，而进化分成中人、西人。中西医目前都还并未达到“真理”本身的高度，继续发展下去，对人体的认识应该是殊途同归的，这是件好事。中医对人体的认识有很多西医所不知道的，而西医理论也有领先中医之处，如果题主有关注过中、西医最前沿的研究，会发现两者的一些观点在慢慢相近、趋同。题主说不要谈中西医之争。但是这里，我不得不谈。为什么呢，因为你的发问，其实是建立在以现代医学为坐标系看待中医，才产生的。假设，世界上只有中医学，那么它无论如何发展，都不会出现题主所说的与现代医学结论一致的“困境”。正是因为目前现代医学的很多研究、理论与中医学不相符，所以才出现假想的问题：结论一样了怎么办？结论本来就只能一样。因为如前面所言，人体的运行只有这一套相同的规律。
此外，题主你所说的这句话，“现代医学的完善程度又使得中医面临了一个困境。那就是如果严格按照现代科学方法来创新则必然得出和现代医学一模一样的结论，如果不严格按照现代科学方法创新现有的中医理论又支撑不起来足够科学的研究”。对此我的观点是：
一、“困境”这是从中医行业利益来考虑的，可能会被现代医学所限制的，利益困境（这里的利益包括舆论倾向）。而这所谓的利益困境，除了“药”这个巨头的利益冲突之外，其实你所考虑到的主要是大众因为缺乏专业素养，中医也不懂，西医也不懂，却站在制高点指点江山才产生的。是不是？有些人认为，中医得出了和现代医学一样的结论就是中医不行。这种观点是非常偏颇且民科的。为什么中医不可以得出和现代医学一样的结论呢？现代医学可是不断得出了很多和中医一样的结论。这能说明现代医学落后于中医吗？有人会认为这是中医给现代医学造成的困境吗？
而从学术层面来说，并不存在“困境”。要求中医必须按照原有的思路来创新，是很死板且不切实际的。事实上，中医与现代医学的研究，一直在互通有无，相互学习。很多人是一味希望吵得越热闹越好，或者某一方必须完败才行。单单从学术这个角度考虑的话，我认为不应该为了亮明所谓的“中医特色”，受制于此而不敢做出突破。“特色”不是强行表现维持的。当然这是有巨大的利益纠葛的。说说容易，真做起来未必。
二、研究方式有很多，科学只是一种认识的方法。世界很复杂，不要也不应该囿于唯一一种认知方式，这会大大阻碍认识的进步。此外，科学是在进步的。目前的科学发展是非常牛没错，但是未知远远大于已知。非科学的认知≠落后的认知。这一点，我认为科学与非科学的研究都可以实行，而研究结果不应以当前的“科学”为标准。这一点对专业的人来说是很明确的。
最后回到提问本身。
一门学问，不创新而停滞不前是很可怕的。尤其是医学这样应用极其广泛的，中医学也不例外（很多人包括中医行业的非常崇古，甚至认为《内经》《伤寒论》即巅峰，这一点我不太认同，不过不展开了，这是另一个话题了）。
题主提出的“中医现代化”，其实就是中医如何适应时代的问题。由于你只把范围限定在 理论创新 这一块，别的我就略过不表了。
我对医学理论创新的理解是，逐渐向真理靠近的过程。光是新颖却没有充分事实依据的观点不可称之为创新。
要看创新，就不得不回过头看从古至今的理论演变和突破。中医的门派既多，又层出不穷。所以只拣最重要的、杰出的、系统的理论作为回顾历史的参考。
（此处待更新哈哈哈哈哈哈哈哈，毕竟梳理起来实在太累了）
题主还有什么疑惑我没说清楚的话，欢迎讨论。
最后我想多说几句，曾经初学中医的时候，我也是狂热的中医粉，那时候我甚至很抵触西医。很痛惜中医呈现出的没落模样。事实上，现在临床水平高的中医比例也真的很低很低很低。中医在我心里一直是瑰宝，我时常感叹自己没有足够的能力让它大放光彩，让普天下的人都真正认识到它的杰出。但是后来学的多了，看的广了，我忽然发现，其实西医很多科研人员那种追求真理的精神，和孙思邈、张仲景那些古人是一样的。是我自己狭隘又无知地，随着舆论大流硬分成中西来看待。我也恍然明白过来，真理永远不会消亡。如果真的有一天，所谓的“中医”消亡、失传，我不会难过，因为消亡的只是一种外在的表达形式，它背后的真理永存。而我很感激真正的古今中外的医学家，无论中西，他们纯粹地追求着真理。也觉得很放心，我明白了永远都会有人追求真理。至于那真理，人们把它叫做中医，东医，南医，西医，都没关系。
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