临床质谱运用的四个主要方向，对临床蛋白质组产业爆发提供明确支撑。这些方向包括抗体标识-ICPMS、组织质谱成像等。不同的临床质谱应用对样品前处理要求不同，主要依赖深度检测策略，以超高效液相色谱与质谱联用为硬件检测系统，通过Shotgun策略对蛋白样品进行前处理，分为蛋白酶解为肽段（打断）和蛋白/多肽深度富集（富集）两个阶段。样品处理的自动化、稳定性、灵敏度及成本优化空间，对于临床工业级蛋白质组检测至关重要。
走向自动化的打断技术有FASP、SP3、iST、PCT等，这些方法操作简便，提高了酶切的成功率与重现性，尤其是SP3方法在微量样品中的回收率高，CV值小，对临床蛋白质组学至关重要。SP3技术在蛋白质组学自动化方面也走在了前列，实现蛋白酶解过程的自动化，甚至已应用于新冠研究中。
富集技术也是临床蛋白质组的重要驱动力，分为广度策略和深度策略。广度策略侧重于去除高丰度蛋白的影响，通过各种富集技术提高对痕量蛋白的鉴定和定量能力；深度策略则针对具有特定生物学共性的蛋白质信息，系统挖掘具有功能性的蛋白质组信息。血浆蛋白质组技术中的多重纳米颗粒蛋白冠技术（Multi-Nanoparticle Protein Coronas）为血浆标志物发现和临床诊断提供了全新视野。
磷酸化蛋白质组学技术在肿瘤、自身免疫性疾病和神经退行性疾病等疾病治疗中发挥着重要作用。酪氨酸磷酸化在细胞生命活动的上游具有关键的分子开关作用，一直是疾病标志物发现和药物靶点发掘的战略高地。深度激酶蛋白质组学技术通过解决酪氨酸磷酸化肽段高特异性富集的难题，实现了对新酪氨酸磷酸化位点的鉴定，展示了其在癌症诊断、药靶发现、药物开发、用药指导领域的应用潜力。MIT的研究证明了在冰冻或福尔马林固定处理下，即可快速使磷酸酶失去活性，保证磷酸化的稳定性，实现准确检测，为大规模临床诊断提供了可行性。嘉华药锐独家获得的全球PCT专利许可的酪氨酸磷酸化富集技术，开发出高通量、高灵敏、高稳定产出深度激酶蛋白质组信息库的技术平台——DOTK（Deep Omics of Tyrosine Kinase），为癌症诊疗市场提供了强大的支持。
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