文化不像一件衣服，想穿就穿，想脱就脱。文化永远支配着你，即使你意识不到它的存在。就像鱼和水的关系一样：鱼也许永远不知道水的存在，也不理解水的性质，但有一点是肯定的，鱼离不开水。文化是无孔不入的，它渗透到每个人的每个言行。我们的许多东西都有它的影子，不论政府报告，新闻报道，科研管理，规章制度，伦理道德，相互交往、学术交流以至于茶余饭后的闲聊等等。解决传统文化问题有两条出路：一条是发展经济，一条是解放思想。随着经济的发展，不可能不触及思想和文化层面；但是，主动推动与被动跟进，其效果是很大不同的。推动思想上的解放比发展经济的阻力更大，路子更加艰难，但是，我们总得往前走，后退是不可能的。
在近代中国人民争取民族独立、民主自由和繁荣富强的斗争过程中，批判儒教与尊崇儒学的论战总是随着新与旧、保守与前进的斗争的起伏而展开，蕴涵着深广的社会政治内容，具有尖锐的现实意义。一切真正的社会变革，往往以批判体现了封建道统的儒家学说作为思想理论的先导（见：宋庆龄对儒教的批判－重读《儒教与现代中国》，载：宋庆龄与二十世纪学术研讨会文集，2000）。中国科学文化发展到今天，必须面对的一个问题是：尊孔还是批孔？孔子是中国封建社会的思想家、政治家、教育家，是中国传统文化重要的奠基人之一。他创立的儒家学说在汉代成为定于一尊的官方哲学后，孔子教义不仅深刻影响着中国历史、政治、经济、文化的发展走向，而且深刻影响着中国的国民精神。因此，对孔子功过是非的评判，一直是中国的一个文化难题（见：历史实践是评判孔子学说的唯一标准，百度网）。“五四运动”首次提出“打倒孔家店”的口号，是中国文化一个具有里程碑意义的事件，是中国文化觉醒的信号，将“五四运动”前启动的新文化运动比作是中国历史上继春秋战国百花齐放、百家争鸣、学术空前繁荣之后的又一次文艺复兴运动，是最恰当不过的。“孔家店”已经成为一种枷锁，一种精神束缚，不打倒“孔家店”，中国无法进入现代化。很难想象一个在思想和文化上封闭的国家，有可能在学术上置身于先进的行列。
我们批孔，不是全盘否定孔子学说和否定孔子这个人，有些好的东西还是要保留和继承的。但是，儒家学说的核心是要全盘否定的。历代统治者均尊孔，我们不应当反思吗？孔子给了我们什么？中国几千年的落后的根源即在于孔子学说，儒家学说反对创新，反对科学，把文人禁锢在四书五经之中，提倡学而优则仕，主张万般皆下品，惟有读书高，文人苦读诗书，十年寒窗，为的是有朝一日能够金榜题名，衣锦还乡，光宗耀祖，全是为了个人和私己的利益，有几个人是为了改变国家和民族的面貌的？当然，也有为民请命的，但是，那是在皇权约束的范围内。因此，中国文人的品行就体现在清官和贪官的争斗上，许多文艺和影视作品不厌其烦地大肆宣扬这种争斗，其实都是在以不同的方式维护皇权统治。马克思在《机器、自然力和科学的应用》中指出：“火药、罗盘、印刷术－这是预兆资产阶级社会到来的三项伟大发明。”然而出自中国的这三项伟大发明，并未率先将中国由封建专制主义社会推进到资产阶级社会。“半部《论语》治天下”究竟治出了一个什么样的中国？历史已经无情地给予了证明（引自：中国社会科学院院报2003/12/02，作者：中国社会科学院院报）。但是，我们的文艺界和学术界存在许多模糊的认识，搞不清什么是该颂扬的，什么是该鞭鞑的，我们的科学界也有许多模糊的认识。
有一种说法，即不论何种外民族的文化，在进入中国之后都会被中华文化彻底或部分改造、吸收了，成为中华文化的一部分，并将此归结为中华文明从来不曾断裂而不断转进的主要原因。还以埃及古文化的断档作为反面典型。这种说法貌似有理，却忘记了时空概念。不错，元蒙和满清入主中原的确存在这种现象，异族统治者皆折服于汉族文化的麾下。那是因为元蒙和满清的文化是奴隶社会游牧民族的文化，当然比不上汉族文化的博大精深。而为什么满清末年光绪皇帝要搞变法？是因为鸦片战争使中国人吃了苦头，是发现了中国文化的弊病。中国留学生到日本去，最令他们惊诧的是发现过去的“倭寇”在文化、科学和技术上的发达，于是开始了强烈的革新意识。他们不是学日本，而是学西方。“五四运动”为什么提倡科学和民主，因为这些都是中国传统文化所没有的。西方文化为什么不被“中国文化彻底或部分改造、吸收而成为中国文化的一部分”？传统文化在西方文化面前打了败仗，原因不言而喻，因为，西方文化是现代资本主义的，而传统文化是封建主义的。
我们如何看待西方文化？纵观世界文明史，有两条线：一条在西方，一条在东方；从人类发展史来说，西方文明是主线，东方文明是支线。两种文明在鸦片战争中发生碰撞，大刀长矛低档不住洋枪洋炮，这才开始了对中华传统文化的反思。有些人惧怕西方文化，将西方文化简单地等同于资本主义文化。任何文化均有优有劣，但是，西方文化的精髓是民主和科学，有了民主和科学，社会就能够发展和加速发展；中国传统文化却是在儒家学说和专制集权体制下孕育的，迟滞了社会的发展。欧洲封建社会从8世纪开始，到1640年的英国资产阶级革命只持续了800多年，而我们的封建社会却延续了2000多年。其实，民主、法制、自由、人权、平等、博爱不是资本主义所特有的，而是整个世界在漫长的历史过程中共同形成的文明成果，也是人类共同追求的价值观。因此，西方文明不是地域文明，而是全人类共享的文明，我们为什么还要抱残守缺，拒绝、害怕这样的文明呢（引自温家宝总理2007年3月16日答法国《世界报》记者问）？
由于中西自然环境以及经济、政治、文化等社会历史背景的不同，中西科技传统有着本质的差异。由于这种差异的深刻影响，造成近代科学没有在中国产生，也使当前科学在面临大量复杂性现象时有着巨大的困惑。对中华科学传统的某种回归，实现东西文化的结合已成为当代国内外学术界许多学者的共识。重新审视中华科学传统，大力进行中西科学传统的比较研究，这是中国学术界的一项重要任务，借此可以推动新世纪世界科学和中国科学的突破与发展。