您在挂靠公司缴纳了社保并且已经上项目的情况下，确实是不能算是挂靠了，而是应该与挂靠公司签订劳动合同的。但是因为挂靠公司一直没有发放商定好的补贴，您可以采取如下措施：
与公司协商解决：可以再次与挂靠公司协商解决，让公司明确其不发放补贴的原因。如果是公司经济原因或其他问题，可以商议合理的解决方案。
提出书面投诉：如果协商无果，您可以向公司提出书面投诉，提出您的要求以及与公司进行合理的协商。同时，建议您在发送邮件、信函或投诉材料时，一定要保留好证据，例如邮件、谈话录音、短信等证据，以便维护自己的权益。
寻求法律援助：如果无法通过协商以及书面投诉解决问题，您还可以向相关行政或者司法部门求助。可以咨询当地劳动仲裁部门、工会等专业组织，或者请当地律师提供帮助。
请您根据自身情况选择适合自己的解决方案，并尽快采取行动维护自己的合法权益。