杭州市城市轨道交通的运营管理在《杭州市城市轨道交通运营管理办法》中有详细规定。首先，建设单位需在工程完工后进行初验，通过后进行综合调试和安全测试，经市政府批准并与运营单位共同组织试运行，试运行期不少于3个月且期间不载客。
试运营前，市政府会组织相关部门对工程的质量、消防、安全、人防等进行验收，通过后进行基本条件评审，符合条件后，经过市政府批准，运营单位需进行至少1年的试运营，并在试运营期间对设施运行和运营状况进行安全监测和综合调试。
工程竣工验收需符合国家规定，试运营期间设施正常稳定运行后，方可正式投入运营。运营单位需在正式运营前30日向交通运输行政主管部门备案，并在车站、列车内外设置各类安全标志和设备，如消防、疏散设施等。
运营单位必须按照规定时间、站点运营，公开列车时刻表等信息，并确保为乘客提供优质服务。此外，严格规定了对从业人员的职业道德和专业技能要求，以及乘客的乘车规定和环境卫生责任。禁止携带危险物品进站，同时规定了影响公共秩序和环境的行为是被禁止的。
在运营中，如发生故障，运营单位有责任及时排除并恢复运营。同时，设立投诉受理制度，接受乘客监督和反馈，对投诉有明确的处理期限和程序。
为规范城市轨道交通运营管理，保障城市轨道交通安全运营，维护乘客的合法权益，根据有关法律法规，制定《杭州市城市轨道交通运营管理办法》。该《办法》经2011年8月11日杭州市人民政府第62次常务会议审议通过，2012年3月3日杭州市人民政府令第268号公布。《办法》分总则、运营管理、安全管理、应急处理、法律责任、附则6章47条，自2012年5月1日起施行。