区别在于：参保主体不同：企业、社会自由职业养老保险都隶属于社会保险，在职缴费的参保主体是企业和个人，个人灵活就业的参保主体是个人。
缴费基数和缴费比例不同：比如灵活就业养老缴费比例为20%，企业职工养老缴费比例为28%，缴费基数也因地而异，但是缴纳情况可就不同了，
退休时间不同：男的都是60岁，女的灵活就业一律55岁，企业职工城镇户口50就可退休，当然还有一些特殊工种类的提前退休的情况。
自由职业社保和职工社保的区别：
1、所缴纳的险种不同：城镇职工社保包含养老保险、医疗保险、工伤保险、生育保险、失业保险五个险种，单位职工所缴纳的社保就包含五险，而自由职业人员自己缴纳社保，通常只能缴纳养老保险和医疗保险两个险种。
2、缴费强制性不同：对于企业职工来说，社保是强制缴纳的，单位和单位职工必须依法缴纳社保，而对于自由职业人员来说，社保是自愿缴纳的，参保人员可以根据自身情况决定是否要缴纳社保。
3、缴费基数不同：企业职工社保缴费基数是根据参保职工本人的月均工资确定的（不能超过当地规定的上下限），参保职工不能自由选择，而自由职业人员的缴费基数可以自己选择，一般是在当地上年度社会平均工资的60%-300%的范围内自由选择。
4、缴费比例不同：企业职工养老保险缴费比例分为单位缴费比例和个人缴费比例两个部分，目前单位缴费比例为16%，个人缴费比例为8%，企业职工医疗保险单位缴费比例为8%左右，个人缴费比例为2%左右；而自由职业人员的养老保险缴费比例为20%左右，医疗保险比例可能有4%左右和8%左右两种选择，如果医疗保险缴费比例选择4%，那么通常就没有医疗保险个人账户，如果选择按8%的比例缴纳医疗保险，那么通常会有医保个人账户。
5、退休年龄不同：企业职工的退休年龄目前为：男性60周岁退休，女性干部55周岁退休，女工人50周岁退休，而自由职业人员社保，男性退休年龄为60周岁，女性有55周岁和50岁两种情况，具体以当地政策为准。
一、灵活就业和职工社保能合并吗？
二者可以合并; 办理社保转移，把以前单位给上的社保与现在的合并。用人单位按照国家的相关规定对本单位的职工进行基本养老保险的登记。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活业人员参加基本养老保险的，应按照国家规定缴纳基本养老保险费，且记入基本养老保险统基金和个人账户。
综上所述，由于各自选择参保身份不同，所处的角度不一样，所以各不相同。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第十条
职工应当参加基本养老保险，由用人单位和职工共同缴纳基本养老保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加基本养老保险，由个人缴纳基本养老保险费。
公务员和参照公务员法管理的工作人员养老保险的办法由国务院规定。
第十二条
用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。
职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费，记入个人账户。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员参加基本养老保险的，应当按照国家规定缴纳基本养老保险费，分别记入基本养老保险统筹基金和个人账户。
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