体色
金鱼祖先的肤色都是十分单纯的，且形状也较朴实，一般呈青灰色，后才逐渐发展成各种鲜艳的色彩。
金鱼的体色一般包括红、黄、黑、白、蓝、紫6种颜色，红颜色来自于黄颜色，黑颜色来自于红颜色，蓝颜色来源于黑颜色，紫颜色来源于蓝颜色。因此，当金鱼出现“返祖现象”时，红颜色总是褪成黄颜色；黑颜色总是褪成红颜色，再褪成黄颜色，形成铁包金和十二黑；红颜色、黄颜色总是褪成白颜色，形成鹤顶红和十二红；蓝颜色总是褪成黑颜色，再褪成纯白色，形成熊猫金鱼和假熊猫金鱼；紫颜色总是褪成蓝颜色，蓝色再褪成各色，形成三色金鱼和五花金鱼。
金鱼的体色一般分成四大系列，即红色系列、黑色系列、蓝色系列和紫色系列。
红色系列包括纯红色、鲜红色、暗红色、红白花、洋红色、十二红、鹤顶红等色彩；黑色系列包括乌黑色、墨黑色、蓝黑色、十二黑、黑白花、熊猫色、铁包金等；蓝色系列包括蓝青色、天蓝色、墨蓝色、三色蓝、蓝白花等；紫色系列包括红紫色、纯紫色、三色紫、暗紫色、五花紫色等。
外形
金鱼外形主要包括头、尾、眼和鳍，其变化反映最易察觉。其他比较奇特的外形特征还包括无背鳍的“光背”变异，裸露出鲜红色鳃丝的“翻鳃”，从鼻腔中长出两个肉球的“抛绣球”，以及特化而成的“珍珠鳞”。
金鱼的一些特征总是联系在一起出现。比如，金鱼的水泡眼一般都只出现于光背的金鱼身上。金鱼的虎头型头型和寿星头头型也总是出现在无背鳍的金鱼身上，而狮头型、帽子头型的特征则总是出现在有发达背鳍的金鱼身上；珍珠鳞总是出现在体型较胖的金鱼身上，而把它和其他体型的金鱼杂交，则后代的珍珠鳞表现得不是十分清晰。
体态
金鱼的体态优美，除了与自身身体的胖瘦有关外，还与其游姿、颜色有关。例如，珍珠鳞金鱼的体形越接近圆球形越好，最有名的是皮球珍珠；寿星头、水泡眼金鱼要求身体成蛋球形；寿星头型中蓝的体形就酷似鸡蛋；虎头、鹅头金鱼的体形要求成椭圆形；高头、狮头和绒球金鱼的体形则要求为纺锤形。