在20世纪后半叶，黑龙江三江平原经历了大规模的开发，这对国家粮食供应起到了关键作用，但也导致了大量湿地的破坏。为挽救这片中国独有的原始淡水湿地，社会各界人士积极呼吁，最终在1994年，黑龙江省政府批准设立了“黑龙江三江省级自然保护区”。紧接着，1995年，又成立了“黑龙江三江省级自然保护区管理局”。保护区的工作人员们不畏艰辛，他们风餐露宿，深入湿地，开展细致的权属划分和边界划定工作，总计建立了总面积达19.81万公顷的保护区，分为核心区（6.6万公顷）、缓冲区（近3万公顷）和试验区（10.4万公顷）。
在2000年4月，国务院将三江自然保护区提升为国家级保护区，建设了科研办公设施，购置了科研设备和森林防火设施，提高了保护区的科研能力。今年1月，保护区更是获得了国际湿地局的认可，被列入“国际重要湿地名录”，成为了世界自然保护的一部分，为获取国际援助创造了有利条件。如今，保护区已配备了国际中国湿地（GEF）项目资助的先进设备，如自动化办公设备、摄像机、卫星定位系统和巡护艇，极大地增强了保护区的管理效能。
经过近10年的保护，保护区内的不法行为得到有效遏制，湿地生态逐渐恢复，生物多样性显著提升。曾经消失的荷花重现于湖泡，国家重点保护动物如东方白鹳、丹顶鹤的数量逐年增加，甚至今年还发现了珍稀的中华秋沙鸭。如今，三江湿地保护区呈现出一幅生动的画卷：雁鸭、鸳鸯在水面嬉戏，丹顶鹤、金雕翱翔天际，马鹿和狍子在草地上悠闲觅食，小叶樟草随风摇曳，为湿地增添了生机和活力。一位曾参与开发的老人站在这片新生的湿地中，感慨万分，感叹北大荒原始风貌的回归。
黑龙江三江自然保护区被国际湿地局批准列入“国际重要湿地名录”。至此，保护区自1993年筹建以来，10年上了三个台阶，成为在国内外颇有影响的湿地类型自然保护区。