法律分析：有区别。
一：作用不同
新型农村合作医疗制度以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。这个定义显示出新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等都在该保险范围内，这项规定使得农民实际受益有预想的那么大。
而学生住院治疗期间，如预支住院治疗费有困难，可先由辅导员或班主任替学生向学校预借医药费，金额由校医院根据病人病情予以确定并在申请单上签名，再到计财处转账。
二：补助范围不同
新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险筹资方法为：各级财政对新农合和居民医保人均补助标准在2013年的基础上提高40元，达到320元。其中：中央财政对原有120元的补助标准不变，对200元部分按照西部地区80%和中部地区60%的比例安排补助，对东部地区各省份分别按一定比例补助。
而学生基本医疗保险费由个人缴纳和政府补助两部分组成。筹资标准为每人每年230元，其中政府补助200元，个人缴纳30元；对于低保家庭和重度残疾学生个人缴费由政府全额补助。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。