全国人民代表大会。
特别行政区基本法的立法依据：宪法第31条规定：“国家在必要时得设立特别行政区，在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。”宪法的这一规定，既是设立特别行政区的法律依据，又是制定基本法的法律依据。
特区行政长官对于立法会通过的法律案，并没有绝对的否决权。但是他可以拒绝签署，就是说，行政长官如果认为立法会通过的某个法案不符合香港特别行政区的整体利益，可以在三个月内把这个法案发回立法会，要求重议。这是行政对立法的一种制约手段。
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特别行政区特点：
1、高度自治。
特别行政区与其他一般行政区域不同，它实行高度自治，依照法律的规定享有立法权、行政管理权、独立的司法权和终审权。特别行政区通用自己的货币，财政独立，收入全部用于自身需要，不上缴中央人民政府，中央人民政府不在特别行政区征税。
3、当地人管理。
特别行政区的政权机关由当地人组成，中央人民政府不派遣干部到特别行政区担任公职，即所谓的“港人治港”、“澳人治澳”。
在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。
根据《中华人民共和国宪法》第三十一条规定：国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。
根据中华人民共和国宪法，全国人民代表大会特制定中华人民共和国香港特别行政区、澳门特别行政区基本法，规定香港、澳门特别行政区实行的制度，以保障国家对香港、澳门的基本方针政策的实施。
1、中华人民共和国香港特别行政区基本法，是香港特别行政区的宪制性文件，1990年4月4日由第七届全国人民代表大会第三次会议通过，自1997年7月1日起施行。香港特别行政区的制度和政策，包括社会、经济制度、行政管理、立法和司法等方面的制度，均以《基本法》的规定为依据。
2、中华人民共和国澳门特别行政区基本法，是澳门特别行政区的宪制性文件，由全国人民代表大会根据《中华人民共和国宪法》制定通过，于1999年12月20日实施。
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一国两制，是中国政府为实现国家和平统一而提出的基本国策。“一国两制”是中华人民共和国前任领导人邓小平为了实现中国统一的目标而创造的方针，是中华人民共和国政府在台湾问题上的主要方针，也是香港、澳门两个特别行政区所采用的制度。
香港问题、澳门问题和台湾问题都是历史上遗留下来的问题，解决这些问题，实现国家统一，是中华民族的共同愿望。 中华人民共和国成立后，中国政府为之进行了长期不懈的努力。
在实行“一国两制”政策之下，特别行政区以基本法作为地方最高法律。根据基本法，特别行政区管有自身的立法权、行政管理权、独立的司法权和终审权，社会治安亦是自行处理而经济制度则采用一直实行的资本主义制度而非社会主义制度。
外交和国防由中华人民共和国中央人民政府负责，驻军费用由中央人民政府负担。对外事务由中央人民政府授权特别行政区政府，依照基本法自行处理相关事务。
参考资料来源：百度百科—中华人民共和国宪法
参考资料来源：百度百科—基本法
参考资料来源：百度百科—一国两制
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宪法是根本法，巩固并确认了社会主义制度是中华人民共和国的根本制度，宪法在行政区域划分中提出特别行政区，无疑说明允许特殊情况下可以有另一种制度的存在。这些制度包括社会政治、经济制度，有关保障居民的基本权利和自由的制度，行政管理、立法和司法方面的制度。
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注意事项：
特别行政区享有立法权。特区立法会制定的法律须报全国人大常委会备案，但备案并不影响法律的生效。（但若全国人大常委会认为特别行政区制定的法律同基本法冲突了，可以发回，不能修改或撤销，然而一旦发回该法律就立即失效了，但对以前的判决不具有溯及力）
独立的司法权和终审权。特别行政区法院独立进行审判，不受任何干涉，特别行政区的终审法院为最高审级，该终审法院的判决为最终判决。
参考资料来源：百度百科-特别行政区制度
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《中华人民共和国宪法》
第三十一条 国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。
第三十二条 中华人民共和国保护在中国境内的外国人的合法权利和利益，在中国境内的外国人必须遵守中华人民共和国的法律。
中华人民共和国对于因为政治原因要求避难的外国人，可以给予受庇护的权利。
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第六十二条 全国人民代表大会行使下列职权：
（一）修改宪法；
（二）监督宪法的实施；
（三）制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律；
（四）选举中华人民共和国主席、副主席；
（五）根据中华人民共和国主席的提名，决定国务院总理的人选；根据国务院总理的提名，决定国务院副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长的人选；
（六）选举中央军事委员会主席；根据中央军事委员会主席的提名，决定中央军事委员会其他组成人员的人选；
（七）选举国家监察委员会主任；
（八）选举最高人民法院院长；
（九）选举最高人民检察院检察长；
（十）审查和批准国民经济和社会发展计划和计划执行情况的报告；
（十一）审查和批准国家的预算和预算执行情况的报告；
（十二）改变或者撤销全国人民代表大会常务委员会不适当的决定；
（十三）批准省、自治区和直辖市的建置；
（十四）决定特别行政区的设立及其制度；
（十五）决定战争和和平的问题；
（十六）应当由最高国家权力机关行使的其他职权。
参考资料来源：百度百科——中华人民共和国宪法
本回答被网友采纳我国在特别行政区内实行的制度，按照具体情况由全国人民代表大会常委会以法律规定；在特别行政区，不实行社会主义制度和政策，保持原有的资本主义制度和生活方式。
国家在必要时得设立特别行政区，在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。特别行政区没有外交权。
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根据我国宪法和基本法的规定而设立的具有特殊法律地位、实行特别社会政治经济制度的行政区域，并规定特区政府对所辖区域社会的政治、经济、财政、金融、贸易、工商业、土地、教育、文化等方面享有高度自治权的制度，是“一国两制”的具体实践。
香港基本法和澳门基本法都规定，在特别行政区不实行社会主义制度和政策，保持原有的资本主义制度和生活方式50年不变。这一规定充分体现了“一国两制”的基本方针。
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