由于赛亚人的侵略，比克等龙珠战士战死，七龙珠也随着消失，为了让死去的战士复活，克林、悟饭和布玛出发前往那美克星球寻找七龙珠。贝吉塔为了得到永生，也去了那美克星。另一方面自称宇宙的统治者弗利沙也为了得到长生不老的生命前往那美克星寻找龙珠，大战因此而起。 贝吉塔到达那美克星之时，打败了多多利亚、萨博。最后弗利沙一怒之下使出了最后王牌：基纽特战队 。基纽特战队把贝吉塔等人差点杀掉，最后悟空到达那美克星，打败了利库姆、吉斯、巴特，最后与基纽展开大战 基纽与悟空势不两立，万不得已之时用了自己的招式“交换身体”使两个人的身体调换，因基纽不习惯悟空的身体，最后让力量恢复的克林、悟饭打败悟空本身，吉斯被贝吉塔处理，当贝吉塔欲杀死悟空（基纽）的时候，悟空（基纽）又交换了身体，基纽失算变成了青蛙。
贝吉塔等人把受伤的悟空送入治疗室诊治，这时候那美克星的龙珠已经聚集，克林与悟饭让天天召唤出了神龙，许到最后一个愿望的时候大长老牺牲，神龙因此消失 与此同时，比克从神龙的愿望中复活！回到了故乡，又与内鲁合体成为超战士！弗利沙发现龙珠的下落与贝吉塔展开了战斗，继续了第二阶段的变身。贝吉塔自知无法打倒他最大的敌人，被弗利沙打的遍体鳞伤。最后与内鲁合体后的比克与弗利沙战斗，不相上下。弗利沙知道比克不是普通的那美克星人，所以进行了又一阶段的变身！变身以后的弗利沙使比克等人陷入了苦战。贝吉塔被弗利沙杀死，这时悟空复出，继承了赛亚人的意志！与弗利沙展开了超级决斗！ 可无论用20倍界王拳和超元气弹都无法击败弗利沙，比克、克林都伤在了弗利萨手下，愤怒的悟空变身成古老传说中的超级赛亚人打败了弗利沙，那美克星难逃被炸毁的命运。孙悟空生死不明。 一年后，弗利沙父子到达地球，欲对悟空进行报复。一个神秘的少年出现，在悟空返回地球前，变身为超级赛亚人轻松打败了弗利沙父子，原来这位神秘少年，来自20年后的未来，是贝吉塔和布尔玛之子，名字叫特兰克斯，他道出三年后会出现比弗利沙强百倍的敌人——人造人类，悟空、比克隐瞒了特兰克斯的真实身份，将此讯息告知众战士后，众人为了三年后的战斗而努力修练以求变强。
人造人以外，还有来自比特兰克斯更遥远的未来，亦由可罗博士电脑所制造，融合众多Z战士、弗利沙父子细胞的敌人沙鲁，它在未来杀了特兰克斯，乘时光机来到现代，目标是吸收人造人17号和18号成为完全体，因未来的时空中，人造人17号及18号已被特兰克斯打倒而不存在。时已破壳而出，以吸收人类能量增强自己实力，比克与神合体变身为超级那美克星人与他交手，不分胜负。悟空终于康复醒过来，为了在短时间内增强实力，悟空向贝吉塔提出到精神时光屋修练，以超越超级赛亚人的境界。贝吉塔、特兰克斯和悟空悟饭两对父子先后进入精神时光屋，贝吉塔、特兰克斯先与沙鲁交手，但因为贝吉塔的自大，导致沙鲁变成完全体。 沙鲁提出举办类似天下第一武道会的“沙鲁游戏”挑衅Z战士，希望Z战士逐个与他交手。
修练出来的悟空先与沙鲁较量，自知无法打倒它，同时也希望悟饭可以靠自己的能力挖掘出体内沉睡的超越父亲的能力,便把希望托付在悟饭身上，悟饭起初不敌，后因为人造人16号被沙鲁杀害前的一番话，彻底被沙鲁激怒，成功变身超级赛亚人2，把沙鲁打得落花流水，但沙鲁却欲以自我引爆跟地球同归于尽，幸亏悟空把它带离地球，带到界王星去自己因沙鲁爆炸而牺牲了。沙鲁身上有比克的再生细胞，只要头脑不遭到伤害，就可以恢复。功力大增的沙鲁回到地球跟悟饭再战，悟饭最终与远在异处的悟空合力以龟派气功把沙鲁消灭。特兰克斯返回未来后，用他日渐修炼的强大力量将未来邪恶的17号和18号解决后，又将未来的沙鲁给消灭，未来世界自此终于和平。 七年后，悟饭已经长大成为高中生。地球却出现了新的敌人，邪恶的的敌人巴比迪和魔人布欧。 Z战士参加了天下第一武道会，悟空返回人间参战。参赛的有克林、比克、贝吉塔，特兰克斯与悟天参加了少年组的比赛。原来天下第一武道会暗藏可怕阴谋，魔法师巴菲迪却从武道会寻找强大能量，想让被封印在蛋中的魔人布欧苏醒。贝吉塔却发现巴比迪在利用内心深处邪念控制他人的时候，还可以激发此人的潜能，使其更加强大。终于突破自己的极限，达到了超级赛亚人2的巅峰。并与悟空作战，将天下第一武道会会场破坏。
悟空与贝吉塔在战斗中释放大量能量，最终让魔人布欧复活，贝吉塔深知是自己一念之差令魔人布欧复苏，打晕悟空后却跟魔人布欧以死一拼，但自我引爆牺牲后都无法消灭布欧。 悟空变成超级赛亚人3站在魔人布欧面前为特兰克斯拿到龙珠雷达拖延时间（当时悟空有能力打败它，但是悟空已经死了，变成超级赛亚人3消耗他大量的能量，导致在阳间的时间减少。）悟空教他的第2个儿子孙悟天和贝吉塔之子特兰克斯「融合」绝技，合二人之力打败魔人布欧。经历剧变的魔人布欧功力再度增强，合体而且变身超级赛亚人3的悟天克斯都无法把它彻底消灭。被带到界王神界被十五代界王神潜发巨大潜力的悟饭赶回地球支援，初时占尽上风，但魔人布欧竟然把悟天克斯和强大的比克吸收了，再次压倒悟饭。这个时候前十五代界王神用自己的生命和悟空交换，使悟空能够重返地球再战布欧，并把天界神珠交给悟空，悟空重返地球，欲与悟饭合体。 悟空和他的伙伴结果，悟饭大意时被布欧吸收了，当悟空绝望之时，经界王刻意保留肉身的贝吉塔重返地球！经过悟空的劝说，贝吉塔同意和悟空合体，龙珠Z中最强的战士贝吉特诞生了！战斗力为二人相乘，实力第一。本来贝吉特可以轻松解决魔人布欧，但是贝吉特想把被布欧吸收的人救回来，所以故意露出破绽被布欧吸收，贝吉特在布欧体内被分开了，在布欧体内经过一番战斗，悟空和贝吉塔成功把众人救出，但由于贝吉塔把原来的肥布欧从魔人布欧的身体内撕落，魔人布欧开始发生一连串的变化，最终魔人布欧还原成最原始的状态！此时，魔人布欧突然发出攻击把地球毁灭了，悟空、贝吉塔、丹丹和撒旦被东界王神用瞬间移动救回圣地！魔人布欧追击来到圣地，悟空勉强和魔人布欧对战，最后贝吉塔和中途被原始魔人布欧吐出来的肥布欧拖住魔人布欧，使悟空使出元气弹！最后魔人布欧被悟空的元气弹消灭！回到地球过了十年，悟空等人再次参加天下第一武术大会，悟空和由魔人布欧转世的欧布一场激战过后，决定带着欧布修行，就飞走了。
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