1、性能不同
巡洋舰是一种火力强、用途多，主要在远洋活动的大型水面舰艇。巡洋舰装备有较强的进攻和防御型武器，具有较高的航速和适航性，能在恶劣气候条件下长时间进行远洋作战。
现代驱逐舰装备有防空、反潜、对海等多种武器，既能在海军舰艇编队担任进攻性的突击任务，又能承担作战编队的防空、反潜护卫任务，还可在登陆、抗登陆作战中担任支援兵力，担任巡逻、警戒、侦察、海上封锁和海上救援任务以及提供无人舰载机的起飞和降落。
2、侧重不同
现代驱逐舰主要职责以护航为核心，同时拥有侦察巡逻警戒，布雷，袭击岸上目标等，广泛的作战职能使得驱逐舰成为现代海军舰艇中用途最广的舰艇，代表：朱姆沃尔特级驱逐舰、055型驱逐舰。
巡洋舰的主要任务是为航空母舰和战列舰护航，或者作为编队旗舰组成海上机动编队，攻击敌方水面舰艇、潜艇或岸上目标。
3、发展不同
巡洋舰的功能将与驱逐舰趋同。如：要求巡洋舰具有隐身功能、战区导弹防御功能、与航母和两栖舰协同作战功能，和强大的对陆攻击功能，简单来说，具有对空、对陆和反潜的多种作战能力，攻击各种目标，在登陆作战中进行火力支援，担任海上编队指挥舰。
驱逐舰自发展以来，已从过去一个力量单薄的小型舰艇，逐步演变为一种多用途的中型军舰。除了名称留下的一点痕迹之外，驱逐舰已经失去了它原来短小灵活的特点，转而从过去一个力量单薄，只有几门小炮，防护几乎等于零的小型舰艇，变成了一种多用途的大中型军舰。
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巡洋舰和驱逐舰的区别如下：
1、外型设计以及大小不同。巡洋舰舰体最大，前甲板比较细长，上层建筑物比较高大，驱逐舰前甲板较短，上层建筑较矮。
2、主要攻击武器不同，巡洋舰其要火力改以反舰导弹取代主炮，并强化防空与反潜能力的现代化巡洋舰。驱逐舰是以导弹，鱼雷，舰炮等为主要武器，具有多种作战能力的中型军舰。
3、作战任务不同，驱逐舰是海军舰队中突击力较强的舰种之一，用于攻击潜艇和水面舰船，舰队防空，以及护航，侦察巡逻警戒，布雷，袭击岸上目标等。巡洋舰的主要任务是为航空母舰和战列舰护航，或者作为编队旗舰组成海上机动编队，攻击敌方水面舰艇、潜艇或岸上目标。
4、发展时间不同，巡洋舰是在17世纪出现的，巡洋舰与其说作为舰只的分类，不如说是表明这种舰只的作用和任务。驱逐舰是一种多用途的军舰，是19世纪90年代至21世纪以来产生的。
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一战和二战开始兴起驱逐舰，当时的驱逐舰很小，才几百吨，主要携带鱼雷。后来慢慢发现鱼雷的攻击效能比100MM以下的火炮好，重型鱼雷甚至比150mm以上的火炮还好。于是驱逐舰越做越大。能够携带的鱼雷越来越多。后来由于反潜的需求，在驱逐舰上加装了深水炸弹；因为驱逐舰是携带鱼雷进行攻击为主的，所以航速必须快，而反潜同样需要航速快，这样驱逐舰又增加反潜的功能。到了二战中期海军主战军舰就由战列舰、战列巡洋舰、巡洋舰和驱逐舰构成。战列舰巡洋舰靠大口径火炮进行攻击，是主战军舰；驱逐舰承担侦查、反潜、突击的作战任务。到二战后期，驱逐舰上又增加了高射机枪和高射炮，甚至出现了专门的防空驱逐舰。这时驱逐舰逐步开始成为非常重要的多面手，反潜反舰防空样样都行。不过在没有反舰导弹的时代里，大口径炮还是绝对的反舰主力，就算航母也不是战列舰的对手，如果战列舰向航母直扑过去，航母只能是一边撤退和寻求救援，一边派舰载机进行自杀攻击（这总自杀攻击美国和日本都一样的用）。二战后期，航母、战列舰和驱逐舰开始进行混合编队，其作战能力是单一舰种的数倍。战列舰变为防守性质的反舰作战力量，航母成为远程反舰作战的力量。
二战结束后，各国都纷纷退役或者休眠战列舰这种吞金兽，驱逐舰由于是多面手，渐渐开始承担更多的作战任务，随着反舰导弹的出现，大口径火炮退出了海战，战列舰这种大型战舰也不再需要了，驱逐舰成为海战的主角。
巡洋舰一直处于一种相对状态。早期的巡洋舰是一种可以远洋航行的护卫舰和救援舰只，同时也承担一些传递信件、勘察水文、军事侦查、护卫商船等工作。没有反舰导弹和舰载机轰炸机的时代里，海战是依靠超大型军舰或者加装装甲的军舰列队成一条直线，然后用船舷两侧的大口径火炮进行对轰，这就是战列舰。战列舰一般都在家门口作战，身体粗大，装甲厚，不容易战沉。而巡洋舰大多执行远洋作战任务，比如侦查，偷袭商船，因此巡洋舰才是一个海军强国的战略威慑力量。如果战列舰和巡洋舰同时编入作战舰队，一般情况下巡洋舰是不参加排队开炮的作战任务，而是在双方战列舰一轮开火之后，进行救援或者突击对方受伤的战列舰。
对于现在来说，由于舰载武器小型化了，一艘6千吨级和一艘2万吨级的军舰都可以很齐全的携带作战武器，比如舰载机、反舰导弹、防空导弹，反潜导弹/鱼雷，100MM~130MM舰炮，雷达系统、作战指挥系统等等，只是数量上有差别。因此巡洋舰和战列舰一样被淘汰了，当然有钱的海军还是会保留巡洋舰，如美国的阿利伯克驱逐舰（其实就是标准巡洋舰）；中国正在筹备的055级。本回答被网友采纳