最初，美军只设置了陆军部，毕竟彼时还没有海军和空军；此后，就增设了海军部和空军部；再此后，国会通过了《国家安全法》，设置了国防部长一职。
随着国会通过了《国家安全法》的修正案，增设了参谋长联席会议主席职位，于是，参谋长联席会议，以及陆军部、海军部和空军部，都成了国防部的办事机构，隶属国防部的领导。
参谋长联席会议，接受国防部长命令，发出战略和作战行动命令，简称“参联会”，其正式成员有参谋长联席会议副主席、陆军参谋长、海军作战部长、海军陆战队司令和空军参谋长等。
参联会设置有参联会主席一职，不是国防部长任命，而是由总统直接从陆海空三军高级将领中任命，任期一般为两年，除战争状态以外，只能连任一次。
美国宪法规定，总统是美利坚所有武装力量，包括陆军、海军、空军、海军陆战队 、海岸警卫队、太空军以及国民警卫队的最高统帅，也可称是美军总司令。
参谋长联席会议主席，只是总统和国防部长的首席军事顾问，接受总统和国防部长的双重领导，在美国真正统帅全军的，并对军队发号施令的，仍然是住在白宫的总统。
美军的作战指挥系统，按顺序排列为，总统-国防部长（没有军衔的文职人员担任）-参谋长联席会议（主席由四星上将担任，陆军参谋长、海军作战部长、海军陆战队司令、空军参谋长和国民警卫队局长，都轮流担任参谋长联席会议主席）-各联合司令部和特种司令部（联合参谋部指挥）。
作为美军参与作战时，非常重要的行政后勤保障体系，则是由总统-国防部长-各军种部长、军种参谋长-各联合司令部下属的军种部队司令部所组成。
加上美军的军官流动性很强，一般不会在一个岗位或部队待很长时间，由此可见，某个部门的军官或某些军官想私下调动军队，在军中实施武装兵变，势必比登天还难，因此，就美军历史上来看，根本就不存在政变的基础和可行性。
兵变，是指军队不听指挥、不守军纪而发生叛变的事情；一般发动兵变，是需要条件的，发动兵变者，手里有兵权且能调动指挥作战，此其一。
其二，能长期掌控军队，在所在作战单位中，能形成自己的稳定势力，从人事方面对军队实施有效的控制，部卒都愿意跟随上司闹事。
其三，其他包括军人干政，有外部势力的渗透和蛊惑等。
从美军的军队指挥、控制等体制来看，可谓环环相扣，尤其是军中高级将领在军中所处位置一般都不会很长，军官在军中的流动性非常大。
包括国防部长在军中没有军衔，是由军队外的文职人员担任，国防部长没有军衔，军方高级将领私下当然不鸟国防部长了，体现了美国人的智慧，是有意这般设置的，防止军方高级将领国防部长时权力过大时，导致不受总统制约，军队有发生兵变之嫌。
虽然说除了总统以外，国防部长是军中的最高领导，实际上在军中没有什么威望，在美军中的地位没有参谋长联席会议主席高。