水稻田控制杂草可利用水稻与杂草在形态、生理、生长发育等方面的差异及除草剂的一些特性，避免对水稻产生药害，通常是5个途径。其中化学除草通常采用时差选择、位差选择、形态选择、生理选择4个途径，物理除草采用空间选择1个途径。移栽和抛秧田我们可选择的手段可以多样，可以选择位差、时差、形态差、生理差和空间差来控制杂草。而直播田杂草通常先于种子萌发，与水稻同时生长，甚至先于水稻生长，直播田前期田间半干旱、半湿润状态的小环境十分有利于杂草生长，位差、时差、空间差都无法采用，只能选择形态差和生理差来进行除草。 稻田使用除草剂前排干水主要是让杂草全部露出水面，充分接触药液，从而达到较好除草效果。特别是直播田出草时间长（通常直播田会有2～3个出草高峰，第一次是播种后5～7天，土表杂草种子大量萌发。第二次是播后10～15天，杂草进入萌发高峰期，这一次也是化学除草的重点时期。第三次是播种后20～40天，残留在土壤深层的杂草萌发，如果此时水稻长势较好，杂草生长将处于弱势，不会对水稻构成危害。但是如果第二次杂草萌发期除草不彻底，草龄大小不一，大龄草可浮面，小龄草甚至刚萌芽。使用除草剂前如果不排水或田块不平整，排水不彻底，就会导致小龄草没有接触到药液，造成除草失败，产生杂草二次危害。
除草剂施药后超过24小时，即可田间回水。有的资料说48小时，也有的说72小时，这里需要说明的是，早春温度低时，回水的时间应适当延迟一点，但必须在药后72小时内回水，夏秋温度高时，回水的时间应当提前一点，但必须在药后24小时后。 水稻、稗草、千金都是禾本科植物，亲缘关系近。我们在化除过程中，实际上它们都接受了除草剂，杂草死亡而水稻不死的原因是我们利用了水稻和杂草的生理特性不同，水稻可以自己分解这类除草剂（如氰氟草酯、五氟磺草胺、双草醚等），要求及时回水是因为水稻在有水的时候活力更强一点，解药能力好一点。所以要求使用时要及时回水，这一方面是预防水稻产生药害。如移栽和抛秧，使用乙草胺、丙草胺、丁草胺等酰胺类除草剂，单子叶（水稻、稗草、千金）植物靠芽尖生长点吸收药剂而起作用，所以利用水稻与杂草高度不一样，保水淹住单子叶杂草心叶，起到杀草作用；而水稻心叶在水面以上，则相对安全。倘若遇大雨或灌水过深则同样也会对水稻也有杀灭作用。
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