(1)点文件
MapGIS将所有的点图元数据都保存在点文件中，或者说MapGIS的点文件只能存储点图元数据，点文件的扩展名是WT，当点文件处于编辑过程中时，可以在磁盘上看到与点文件同名但扩展名是WT～的临时文件。
(2)线文件
MapGIS将所有的线图元数据都保存在线文件中，并以各种线型进行区分和表达，同点相似，MapGIS的线文件只能存储线图元数据，扩展名是WL，当线文件处于编辑过程中时，可以在磁盘上看到与线文件同名但扩展名是WL～的临时文件。
(3)区文件
MapGIS将所有的区数据都保存在区文件中，并以颜色和花纹图案填充，区文件除了存储区数据外还要保存形成区的弧段数据，在MapGIS中，区是通过弧段描述的因而不可能离开弧段而独立存在。区文件的扩展名是WP，当区文件处于编辑过程中时，可以在磁盘上看到与区文件同名但扩展名是WP～的临时文件。
(4)图像文件
MapGIS支持多种图像文件，但是只能对一种图像文件进行几何校正操作，这种文件的扩展名是MSI。
(5)工程文件
按照MapGIS的解释，工程是对MapGIS要素层的管理和描述的文件，提供了对GIS基本类型文件和图像文件的有机结合的描述。这个概念比较抽象，因为一幅地质图一般不会只包括一个点、一个线或者一个面文件，而是要包含一系列的要素文件(即点、线、面文件)，因此要想完美地显示一幅地质图需要考虑如下几个方面的问题:这幅地质图包含有多少个要素文件?这些要素文件的文件名是什么?这些要素文件存储在什么位置?当打开这些文件时，如果文件互相遮盖就会导致某些重要的信息不能显示出来，因此必须对文件的上下顺序进行处理，那么这个顺序是怎样的?必须每次都要设置吗?为了方便解决这些问题，可以使用MapGIS的工程文件进行管理。MapGIS的工程文件存储的数据正是地质图由多少要素文件构成，要素文件的文件名以及存储位置和显示顺序，从这个意义上讲，我们可以说一个MapGIS工程就是一张地图。当然MapGIS的工程文件不仅仅存储这些内容，它还包含每个要素文件的状态，以及工程的地图参数等。处于同一个工程中的要素数据具有统一的地图参数，当将一个具有不同地图参数的要素文件加载到工程中时，要素文件的地图参数或者被改变，或者不能加载成功。
工程文件对于要素文件是一种索引的关系，而不是包含关系，因此一个要素文件可以被多个工程索引，但是通常情况下不要将一个要素文件加载入多个工程中，这样可能会在无意中改变文件。处于同一个工程文件中的要素文件可以存储于磁盘的任意位置，但是建议将工程文件与要素文件存储于同一个文件夹中，这样工程文件在存储要素文件的位置时将使用相对路径存储，便于管理和移动文件。MapGIS工程文件的扩展名是MPJ。
MapGIS常见文件扩展名见表1.1。
表1.1 MapGIS常见文件扩展名一览表