南方医科大学前身为中国人民解放军第一军医大学，创建于1951年，1979年被确定为全国重点大学，2004年8月整体移交广东省，更名为南方医科大学。学校是全国首批、广东省唯一一所“部委省”共建高校，也是广东省高水平大学“重点建设高校”。
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学校现有6所直属附属医院，床位总数超过7000张。拥有国家临床重点专科16个，国家中医药管理局重点学科6个、重点专科4个，广东省“十二五”医学重点学科7个，广东省临床重点专科54个，广东省医疗质量控制中心4个，建成了广东省肾脏病研究所、广东省骨科研究院。南方医院惠侨楼是全国首家、规模最大的涉外医疗中心，曾被中央军委授予“模范医疗惠侨科”荣誉称号，并得到江泽民同志亲笔题词嘉勉。
自20世纪80年代以来，学校开创了全国高校产学研一体化先河，以自主研发的“三九胃泰”、“正天丸”、“无限极口服液”、“尿毒清”等产品为基础，先后创建了深圳南方制药厂(三九集团前身)、南方李锦记营养保健品有限公司、广州康臣药业有限公司等国际知名的医药企业。研制出了国际上第一个 SARS抗原检测试剂盒、第一台国产“X-刀”、国家Ⅰ类新药B超心脏造影剂、地中海贫血诊断试剂盒等高端科研产品并成功实现产业化。