法律分析：一是二者的作用不同。国家《基本药物目录》主要用于指导临床医师合理选择用药品种，通过引导药品生产企业的生产方向，保证基本药物的市场供应。而《基本医疗保险药品目录》的主要作用为了控制基本医疗保险支付药品费用的范围，是社会保险经办机构支付参保人员药品费用的依据。其目的是为了保障参保人员的基本医疗需求，保证医疗保险基金的收支平衡。
二是制定的依据不同。国家《基本药品目录》主要考虑药品临床使用的合理性和安全性，以及全社会的基本用药水平。而《基本医疗保险药品目录》在考虑参保人员用药安全和疗效的同时，重点要依据基本医疗保险基金的承受能力，要考虑药品的价格因素。
三是应用范围不同。国家《基本药物目录》适应全社会所有人群，而《基本医疗保险药品目录》只适用于基本医疗保险保险的参保人员。
四是执行效力不同。国家《基本药物目录》对临床医生用药起指导作用，主要通过对社会宣传和医生培训，引导自觉使用目录;而基本医疗保险药品目录在社会保险经办机构支付费用时执行。
法律依据：《国务院办公厅关于完善国家基本药物制度的意见》 二、（二） 完善目录调整管理机制。优化基本药物目录遴选调整程序，综合药品临床应用实践、药品标准变化、药品新上市情况等因素，对基本药物目录定期评估、动态调整，调整周期原则上不超过3年。对新审批上市、疗效较已上市药品有显著改善且价格合理的药品，可适时启动调入程序。坚持调入和调出并重，优先调入有效性和安全性证据明确、成本效益比显著的药品品种；重点调出已退市的，发生严重不良反应较多、经评估不宜再作为基本药物的，以及有风险效益比或成本效益比更优的品种替代的药品。原则上各地不增补药品，少数民族地区可增补少量民族药。