法律分析：一、并购时税务风险承担条款(法人)：在收购企业股权，收购方最担心的是企业之前的税务风险(尤其在收购个体工商户或民营企业时)，如果收购以后被税务机关稽查补税，可能面临巨额的补税和罚款等。所以，收购方要求转让方承诺承担之前的税务风险，一些股权转让协议就写上“标的企业股权转让日之前产生的任何补税、滞纳金、税收违法的罚款由转让方承担”。但是，如果标的企业产生补税、滞纳金、罚款，税务机关处罚的对象是标的企业，这是一种行政责任，不会因双方的民事合同约定而改变。
二、转让方获取的对赌补偿的个人所得税问题(自然人)：在投资或并购交易中，投资者为了维护自身的利益，防止投资时由于对被投资企业的估值过高而遭受损失，往往会通过“对赌条款”来对被投资企业的估值做出修正以保证自身的利益。如果被投资企业的业绩达到预定或超过预定目标，投资者可能会以货币或股权等形式补偿原股东。按此逻辑，转让方在获取对赌协获得的补偿应调整股权转让收入的应纳税所得额并补缴个人所得税。三、股权交易中的税务成本承担责任主体：股权转让方如果是个人(包括境外个人)、境外企业(注：境内企业由于股权转让收益与公司的盈亏合并纳税，不涉及单独计税问题)，由于股权转让需要单独计算纳税，合同中通常需要明确涉及的税务成本由谁承担，也就是转让对价是税后的还是含税的问题。其实，股权转让只涉及所得税(个人：个人所得税，境外企业：企业所得税)和印花税。通常合同只需要明确所得税由哪一方承担即可，根据税法的规定，印花税通常是双方都要承担的，股权转让应该是转让方取得收益承担纳税义务。纳税义务由税法规定，不能由民事合同自行约定，交易双方自行约定纳税义务属于违法、无效。四、自然人股权转让时法律手续不符合税收法律规定：在实际中，许多自然人在转让股权时通常私自签订平价或折价的股权转让协议，在当地的工商部门办理变更登记手续后不去税务局备案，这个是不符合税法规定的，会受到税务的稽核和处罚。自然人在转让股权后，应该将变更后的营业执照，股权转让协议、银行回单凭证等在税务机关备案，如果不是平价转让的，还要申报个人所得税。五、申报的股权转让收入价格不公允：许多自然人为了少申报或不申报个人所得税，通常会在合同中约定不符合独立交易交易原则的条款，比如折价或平价转让，甚至有些新三板挂牌企业在转股系统中以很低的价格转让，以规避所得税。六、留存收益过高导致溢价过高多交企业所得税。
法律依据：《中华人民共和国公司法》 第七十一条 有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
对于企业所得税方面有以下几个风险点
以非货币性资交换股权常见风险点：
（1）换入股权以公平价格来确定股权价格。
（2）换出资产需视同销售行为：以非货币性资产交换股权，换出方属视同销售行为，涉及企业所得税或增值税、印花税。
（3）换入的资产对超过股权价格外的部分，除确认股权转让收入外，如不另支付对价，则存在接受捐赠行为或投资行为，需按规定缴纳企业所得税或个人所得税，如果企业未按规定处理，则存在税务风险。
2.确认原则：股权转让收入按照公平交易原则确定，纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的，税务机关有权核定其应纳税额。关联方之间转让，符合独立交易原则，不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。对于核定方法《征管法》明确了几种，通常情况下，参考被投资单位净资产价值，确认股权价格。
3.收入确认时间：企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。收没收到款，办了工商登记都应确认收入，是否及时准确确认对季度申报影响大，汇算清缴毕竟在次年。可视转让所得金额大小，转让方历年盈亏状况，通过调整股权协议转让协议时间，合理调整确认所得年度。