太空育种的意义重大而广阔，归纳起来主要表现在以下几方面。
1、直接服务于生物、食品与健康产业
利用航天技术发展作物栽培业，是当今世界种植业领域中最尖端的科学技术之一，目前正在研究的太空种子、太空作物、太空生物圈等都与种植业有密切关系，有着十分诱人的广阔发展前景。目前已有13个品种通过了国家审定, 43个品系在大面积种植推广。随着我国航天事业的飞速发展，空间环境在农业、生物技术及微生物制药方面，一定会发挥更大的作用，让空间环境更好地造福人类，用空间技术育种的最大优势在于其能在较短的时间里创造出目前其他诱变育种方法难以获得的罕见突变基因资源，这就有可能彻底改变近10多年来植物育种研究工作“艰难爬坡”的徘徊局面，培育出突破性的优良品种，直接服务于生物种植业的生产。
2、创社会经济高效益
目前培育成功的药用菌、食用菌、青椒、番茄、水稻和小麦等作物新品种、新品系，在生产已经获得了显著的社会经济效益。另一方面，用空间技术育种创造出的各具特色的优异新种质、新材料，可广泛应用于常规育种、杂种优势育种等，以培育出更多高产、优质、抗性强的新品种，在更大范围内促进作物增产和种养业的持续发展，其社会经济效益将更为巨大。例如通过太空育种产生的“太空种子”培育而成的“太空南瓜”，其单个瓜体的重量重达46kg ，售价1200元，产品吸引顾客。
3、太空育种可以缩短育种周期
正常的作物育种一般需要 8年时间，太空育种可以缩短一半的时间。因为太空诱变育种使生物产生变异比自然界植物的自然变异快得多，所需时间短而频率非常大，在短舜间能有效加速或缩短生物界需要几百年甚至上千年的自然变异。加上太空中宇宙射线和辐射较强，这是植物发生基因变异的重要条件。故籽种从太空搭载回来以后，在地面只须要种植四代，就可以选育出性能稳定的品种,这样便可大大缩短育种周期。
4、太空育种开创了一种全新的育种模式
太空育种开创了一种全新的育种模式，也为发展现代中药农业提供了新的技术支撑。所以，如今引种试种“ 太空药材”、“ 太空蔬菜”和“太空粮”也在全国逐渐升。