第一：有一些和朱元璋一起打江山的兄弟居功自傲，成了骄兵悍将，触犯法律。
最典型的是蓝玉，朱亮祖。蓝玉远征北元，取得胜利后已经是十分骄狂，违反朱元璋的民族政策，强暴了元太子妃。又在喜峰关，因为守城的军士开门晚一点，就下令炮轰，所以朱元璋封他凉国公，他还是不知悔改，继续骄横跋扈，蓝玉的家人也是滥杀无辜，大肆侵占民田。
朱亮祖平定两广，受封永嘉侯，镇守广东的时候，和当地当地豪强勾结在一起。当时的番禺县令道同惩治犯法的豪强，朱亮祖自持位高权重，强行对不法的豪强提供庇护，和道同起了争执，朱亮祖上表朱元璋诬告道同，使朱元璋错杀了道同，但朱元璋是何%等聪明的人，不久就发现了朱亮祖的问题，把朱亮祖父子抓起来活活打死了。
这些一起打江山的兄弟已经变了，自持有功，无视国法不惩治是不行的。
第二：朱元璋认为，自己死后想要儿孙能顺利继承皇位，必须杀了这些能耐大的功臣，尤其太子朱标死后，孙子朱允文是镇不住这些功臣的。
太子朱标活着的时候，曾经反对朱元璋对功臣下手，朱元璋让侍卫拿一根满身是刺的树枝扔给朱标，让朱标拿起来，朱标不敢，朱元璋自己捡了起来，用手把那些刺撸了下来，扎的满手是血，朱元璋用这个举动告诉朱标自己是在为儿子继位清除障碍，那些一起打江山的兄弟现在就是树枝上的那些刺，必须清理掉。
太子朱标不幸早亡，朱元璋因为爱朱标，让朱标的儿子当上太子，在自己百年之后继承皇位，但朱元璋因为朱标的死更加极端，他觉得以朱允文的能力如果不把功臣除掉，江山就会落入他们手里，加紧对手下功臣下手，
胡惟庸案，朱元璋借此废除了历代流传的丞相制度，由皇帝亲自管理六部，他认为丞相权利太大，会直接威胁天子统治，这个案件连坐被杀的三万多人，开国第一功臣李善长也受到牵连被杀。
蓝玉案，朱元璋借此案基本上把功臣以谋反罪杀了个干净，牵连被杀的一万五千人。
综上所述，朱元璋诛杀和自己一起打江山兄弟，一是因为有的兄弟居功自傲，触犯法律，二是怕儿孙的江山被这些兄弟夺去。而且他认为必须对这些兄弟下死手。