根据上述职责，省卫生厅设15个内设机构：
（一）办公室。
负责厅机关政务工作，督促检查机关工作制度的落实；负责重要会议的组织和会议决定事项的督办；负责文秘与公文管理、办公自动化、重要文件的起草、政务公开、机要、保密、档案、卫生统计、信访、保卫和接待工作；负责厅机关财务和资产管理等行政事务工作。
（二）人事处。
拟订全省卫生人才发展规划和政策并指导实施；承担厅机关和直属单位的机构编制、人事管理工作；会同有关部门承担全省各类卫生专业技术人员资格评审工作；承办厅党组管理的领导班子考核和领导干部的选拔、任用等工作；负责卫生系统干部教育培训工作。
（三）规划财务处（省卫生国外贷款办公室）。
拟订全省卫生事业中长期发展规划，推动区域卫生规划工作；统筹规划与协调全省卫生资源配置，管理大型医用装备的配置；提出医疗服务价格等政策的建议；拟订全省药品和医疗器械采购相关规范；编制省级卫生财务预算、决算，管理厅直属单位财务工作和国有资产；协调利用国外贷款的工作。
（四）政策法规处。
组织起草卫生地方性法规、政府规章草案，拟订全省卫生政策和标准；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担有关行政复议和行政应诉工作；负责综合性卫生政策研究，指导卫生法规实施及普法宣传工作。
（五）卫生应急办公室（省突发公共卫生事件应急指挥中心）。
拟订全省卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；组织指导对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制和紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（六）疾病预防控制处。
拟订全省传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；组织对重大传染病、地方病的综合防治；承担发布法定报告传染病疫情信息工作；负责省地方病防治领导小组的日常工作。
（七）农村卫生管理处。
承担综合管理全省农村基本卫生保健工作，拟订有关政策、规划并组织实施；指导全省农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；监督指导农村卫生政策的落实。
（八）妇幼保健与社区卫生处。
拟订全省妇幼卫生、社区卫生、健康教育的政策、规划、规范并组织实施；拟订全省妇幼卫生技术标准；对妇幼保健实施监督管理，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。
（九）医政与医疗服务监管处。
拟订全省医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准，并组织指导实施；拟订医务人员执业标准和服务规范；指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械临床试验管理。承担全省医疗机构医疗服务的监管工作，建立全省医疗机构医疗质量评价和监督体系,组织开展医疗质量、安全、服务、财务监督和评价等工作; 建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度，承担推进公立医院管理体制改革工作。
（十）食品安全综合协调与卫生监督局。
贯彻执行国家食品安全标准；承担组织查处食品安全重大事故的工作；开展食品安全监测、风险评估和预警工作；贯彻食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范；承担重大食品安全信息发布工作；指导规范卫生行政执法工作；按照职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所、饮用水等的卫生监督管理；负责传染病防治监督；整顿和规范医疗服务市场，组织查处违法行为；督办重大医疗卫生违法案件。
（十一）药物政策与基本药物制度处。
贯彻国家基本药物制度、药品法典、国家基本药物目录并组织实施；拟订我省基本药物的采购、配送、使用的政策措施；会同有关部门提出国家基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策，提出国家基本药物价格政策的建议；承担国家基本药物制度推广、宣传教育工作。
（十二）科技教育处。
拟订全省医药卫生科技发展规划；组织协调国家和省重点医药科研攻关项目；指导医疗卫生方面的技术推广和科学普及工作；组织研究医学卫生技术标准；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；组织指导卫生专业技术岗位培训工作；承担组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
（十三）对外交流合作处。
承担全省卫生方面对外交流合作的组织协调工作，负责援外医疗队的选派和管理；负责卫生机构出国团组的申报和全省卫生机构邀请的外国医学专家、学者及科技合作、技术交流的管理工作；组织协调我省与国际组织和港澳台在医疗卫生领域的合作与交流；负责对口来陕外宾的接待工作。
（十四）新型农村合作医疗监督管理处。
组织指导全省新型农村合作医疗制度的实施工作，负责全省新型农村合作医疗制度实施的医疗质量监督与医疗费用的科学控制；负责全省新型农村合作医疗制度实施的人员和技术培训；负责全省新型农村合作医疗制度实施工作的监督检查、评估和经验交流。
（十五）省爱国卫生运动委员会办公室。
拟订全省爱国卫生工作的中长期规划和年度计划，统筹协调省爱国卫生运动委员会各成员单位履行工作职责，开展群众性爱国卫生活动；组织开展创建卫生城市、卫生县城、卫生村镇和农村改水、改厕工作；组织开展除害防病工作；负责省爱国卫生运动委员会的日常工作。
机关党委负责机关和所属单位党群工作。
离退休人员服务管理处负责机关离退休人员服务管理工作，指导所属单位的离退休人员服务管理工作。
纪检组、监察室按有关规定设置。
