1402年4月初，燕王进入安徽北部的宿州，打败了平安的骑兵，后者是被派来拦截他的。但是，5月23日燕王在安徽灵壁南面的祁门山受到严重挫折，被徐辉祖所率皇帝方面的优势兵力打败。燕王在这次战事失利中幸免于难，在5天以后，他利用徐辉祖突然被召回和援军到来的机会，对在灵壁驻兵的平安发动突袭，拿获了平安本人和其他几个重要将官。他的军队在6月7日攻破了淮河上盛庸的防线，并在绕过了淮河附近的凤阳和运河上的淮安（在洪泽湖附近）这两座坚固设防城市之后，以闪电的速度直下淮河，于6月17日攻占了扬州。7月1日，燕王的部队被盛庸的水军挡在南京对岸的浦子口。两天以后，指挥长江舟师的都督佥事陈瑄（1365—1433年）叛投燕王，因此燕王的军队有了渡过长江的船只。他们马上过了江，未遇抵抗地直抵南京城郊。① 在此以前，建文帝曾经把他的军队从北方召还，并纠集南京附近的新兵来保卫京师，但是朝廷的政策迄至最后一刻也没有定下来。6月20日被召回的齐泰和黄子澄力主不惜一切代价保卫京师；李景隆和茹瑺则倾向于通过谈判解决问题。7月9日，皇帝派李景隆和洪武帝的第19子朱橞（1379—1417年）到南京城外的龙潭向燕王提出议和。他们回来报告说谈判失败，但是他们显然利用这次使命想用别的办法终止战争。5天以后，即7月13日，李景隆和当时防守金川门的朱橞私下密谋；他们不经战斗，大开城门，欢迎燕王入城。 在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后发现了几具烧焦了的尸体，据说它们是皇帝、马皇后（于1395年结婚）和他的长子朱文奎（1396年生）的尸体。皇帝最后的真正命运仍然是一个谜。不能肯定他是否真的被烧死了；后来对他的帝业抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。官方历史学家当然只能说皇帝及其长子已死于难中；否则，燕王就不可能称帝了。皇帝的第二个儿子朱文圭当时只有两岁，他和皇帝家中其余幸存的成员一起被生擒。他被免于一死，但和其他家人一起被长期监禁，直到1457年他56岁时才重获自由。② 燕王在礼仪上拒绝了他的支持者们反复劝进之后的几天，于1402年7月17日即皇帝位，但不是继承建文帝的帝位，而是继承太祖高皇帝的帝位。次日，他下令给据说是建文帝及其家属的遗体安葬如仪，但是，他没有给这位死去的皇帝以谥号。接着他发了几道文告，把他的登极遍告国内和国外。1402年剩下的几个月被称为洪武35年。新皇帝用这种办法明确地否定了建文帝的合法性；他把次年称为永乐元年。开国皇帝的所有法律和制度一概予以恢复。另外，新皇帝命令销毁建文时期的档案，只留下关于财政和军事问题的档案，同时他又禁止关于这个时期的事件的一切论述。③ 新皇帝把最暴烈的手段专门用来对待忠于建文帝的官员们——像齐泰、黄子澄和方孝孺。他曾经希望那个不易收买的方孝孺现在会俯首承认他的胜利并给他效命，以此操纵士大夫阶级来支持他的事业。方孝孺对他破口大骂，因此他和另外一些人一起被残酷地处死，他被说成是曾经错误地引导皇帝的大奸臣。这是一次恐吓中国有独立思想的知识分子的血腥行动。在此期间，和从前建文皇帝的官员有牵连的成千上万无辜的人民都或者被处死，或者被监押，或者被流放；这一次血腥清洗的猛烈程度只有明太祖所实行的暴政可与之相比。
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