法律分析：直接建筑劳务公司开发票，总包公司直接进入工程施工，二级科目人工费就好了，发票可以抵扣3%。
1. 营改增后，清包工合同税率降低，对建筑劳务公司而言，营改增以后，按照税法规定，建筑劳务公司按照11%征税。营改增之前，建筑劳务公司是按照3%征税的，相当于多了8%，所以建筑劳务公司的税负相对来说是加重的。
2. 税法规定，清包工合同可以选择简易计税，所以建筑劳务公司，跟总包公司签合同，基本上都是签清包工合同。对于总包而言，选择与建筑劳务公司合作，并签订清包工合同，总承包公司的人工费可以抵扣3%。
3. 如果不跟建筑劳务公司合作，那么人工费必须要做成工资表的形式，这样一来就无法抵扣，人工费纯粹是按11%开给业主的。营改增之前，工程项目的建安发票是在工程所在地代开的，地税局往往在开建安发票的时候，已经一次性综合扣除了工人工资里面的个人所得税了。
4. 营改增以后，增值税要回到公司注册所在地来申报了，在公司注册所在地开发票给对方，就不需要扣除工人工资的个税了。
法律依据：《中华人民共和国企业所得税法》
第三条 居民企业应当就其来源于中国境内、境外的所得缴纳企业所得税。
非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税。
非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。
第六条 企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：
（一）销售货物收入；
（二）提供劳务收入；
（三）转让财产收入；
（四）股息、红利等权益性投资收益；
（五）利息收入；
（六）租金收入；
（七）特许权使用费收入；
（八）接受捐赠收入；
（九）其他收入。