重庆市南川区人力资源和社会保障局根据其职能设置，设有八个主要科室，分别为：
办公室: 负责机关的日常行政管理，如文电处理、会务组织、档案管理、保密工作以及安全保卫等。同时，它还负责机关的卫生、计划生育和精神文明建设工作。此外，办公室还承担信息规划、信息化建设和管理，负责办公自动化建设和人力资源社会保障服务平台的管理和维护。
研究室（组织人事科）: 主要负责人力资源和社会保障政策的研究，负责机关的党建工作、群团工作和政务督查。其工作内容还包括人事管理和干部任免，以及劳动关系协调和新闻发布等工作。
政策法规科（信访科）: 提供人力资源和社会保障政策法规咨询，负责法制教育培训，监督行政许可、审批工作，处理工伤认定和社会治安综合治理事务。此外，它还负责信访接待，处理群众来信来访，以及重大信访案件和群体性突发事件的协调处置。
公务员管理科: 负责公务员的录用、考核、培训等全面管理工作，包括公务员职务任免、奖励和惩戒等，并处理相关申诉控告。同时，它还负责军队转业干部的安置和管理工作。
事业单位与专业技术人员管理科: 主管事业单位的专业技术人员管理，包括录(聘)用、考核、培训和职称管理工作，以及事业单位人员的流动调配和年报统计。
工资福利科: 负责机关事业单位工作人员的工资福利管理，参与住房、医疗制度改革，负责工资统计和基金管理工作，指导国有企业工资管理和特殊工种职工的退休审批。
社会保险基金监督科（财务科）: 负责就业、社保基金的监管，负责工伤鉴定和基金监督人员的培训，以及财务管理和国有资产监管。
技能开发科: 主导工人技术等级考核和技能培训，管理职业培训机构，负责职业技能鉴定和人才队伍建设。
纪检组（监察室）: 负责党风廉政建设、纪检监察工作，受理控告和申诉，查处违纪违规案件，并进行党纪政纪宣传教育。