在儿童中，肛瘘的发生相对较少，但新生儿和幼儿阶段，肛门区域可能会出现肿痛和化脓的情况，特别是在出生后3个月和1岁以下的婴幼儿中。由于儿童肛瘘的管道通常较浅，排脓后症状往往能得到迅速缓解，并且有部分患儿可能随着年龄的增长自行愈合，因此，通常建议对这类情况采取保守治疗，而非立即手术。
应对儿童肛瘘的首要步骤是采取对症处理，每日进行肛门清洁和坐浴，这有助于保持局部清洁，减轻炎症。同时，可以适当使用抗生素和外用药膏，以消炎、消肿，防止脓肿的形成，并促进自愈过程。如果肛瘘反复发作且无法自行愈合，应在孩子具备手术耐受能力时，如5至10岁，考虑进行手术治疗，这是较为适宜的手术年龄。
然而，目前对于婴幼儿肛瘘反复发作和自愈的具体原因，医学界还存在一些未知。因此，对于低龄幼儿的处理，需要在充分观察和评估后，以最有利于孩子健康的方式进行。
小儿肛瘘的主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适，患儿常不介意。