为了提升机关工作效率，明确职责分工，并推动作风转变，元坝区体育局根据实际职能设立了如下内设机构和职能分工：
1. 办公室：负责制定体育事业发展长远规划和年度计划，草拟相关文件；综合协调政务工作，确保重要事项的执行；制定内部管理规定，撰写综合材料；处理文电、公务等事务，负责保密、接待、安全等工作；负责处理人大代表建议和政协委员提案；监督执行局长办公会决定；进行法制宣传教育，管理人事和财务，以及项目规划和资产管理。
2. 社会体育股：负责推动全民健身计划实施，指导社会体育发展，监管体育社团，组织群众体育活动；推动农村、城市社区、老年、职工等各类体育活动；推广社会体育指导员制度，增强公共服务功能。
3. 青少年体育股（学校体育股）：负责青少年运动项目的管理，制定训练和人才培养计划，审查运动员和教练资格，统筹体育竞赛，监督实施国家体育锻炼标准，培育体育传统项目和学校体育人才。
4. 体育产业股：执行体育产业发展政策，服务、指导和监管体育产业，管理体育资产，发展体育竞赛和表演市场，规范体育彩票销售，培育中介服务，监管体育用品市场。
此外，元坝区体育局还设有1个下属事业机构——元坝区体育馆（元坝区业余体校 元坝区全民健身中心），负责宣传全民健身，培养体育人才，开放体育设施，组织各类体育活动，维护场馆设施和环境，举办文艺活动和科普展示，以及运动队的管理和竞技水平提升。