清华大学最好的系是计算机科学与技术系。
清华大学的计算机科学与技术系在国内外均享有极高的声誉。该系拥有一支优秀的师资队伍，硬件设施先进，研究成果丰硕。其课程设置和教学质量都处在国际前沿，为学生提供了良好的学术氛围和实践机会。该系毕业生就业率极高，深受各大企业和研究机构的青睐。
计算机科学与技术系的学科涵盖了计算机科学的基础理论、应用软件、系统设计以及人工智能等多个方向。该系注重理论与实践相结合，不仅为学生提供了丰富的课程学习，还鼓励学生参与科研项目，为学生未来的学术研究和职业发展奠定了坚实的基础。
此外，清华大学计算机科学与技术系与国内外许多知名企业和研究机构建立了紧密的合作关系，为学生提供了丰富的实习和就业机会。该系的毕业生在IT行业、科研机构、高等教育等领域都有出色的表现，为国家的科技发展和人才培养做出了重要贡献。
总的来说，清华大学的计算机科学与技术系因其优秀的师资力量、先进的硬件设施、丰富的课程设置和良好的就业前景，被认为是清华大学最好的系之一。