地方各级政府在土地利用总体规划中需确保本地区基本农田数量的稳定。任何单位和个人不得随意改变或占用划定的基本农田保护区，特殊情况下如需占用，如能源、交通等项目，需经国务院批准，且占用后需补划相当数量和质量的耕地，占用单位需负责开垦或缴纳耕地开垦费。占用基本农田的单位还需将耕作层土壤合理利用，禁止在保护区内进行破坏农田的活动，如建房、挖砂等。
占用基本农田的项目需严格管理，闲置或荒芜超过一定期限会受到相应处罚，包括收回土地使用权。农业生产者被鼓励使用有机肥料，合理施用化肥和农药，保持和提升地力。县级政府制定地力评级办法，由农业和土地部门实施，定期报告地力变化和保护措施，为农民提供施肥指导。环境保护部门负责监测基本农田环境污染，对国家重点建设项目则需遵循环保规定，有专门的农田环境保护方案。
提供给农田的肥料需符合标准，发生环境污染事故时，当事人需立即处理并报告相关部门。以上规定旨在确保基本农田的保护与合理利用，维护农业生产和环境质量。
我国人口多耕地少，耕地后备资源不足，维护国家粮食安全，保持社会稳定，始终是我国的一个重大问题。为此，国家专门制定《基本农田保护条例》 ，划定基本农田保护区，根本目的，就是为了对基本农田实行特殊保护，以满足我国未来人口和国民经济发展对农产品的需求，为农业生产乃至国民经济的持续、稳定、快速发展起到保障作用。