一、权力不同：
乡镇纪委书记和副镇长都是副科级干部，级别相当。纪委书记权柄侧重于纪检监督，副镇长权柄侧重于行政。
在排序上，乡镇纪委书记比常务副乡长要靠前，纪委书记属于党委序列，兼有党委委员的身份；常务副乡长，就算也兼有党委委员身份，应该也是排纪委书记后面。
二、职能不同：
乡镇党委书记是镇党委负责人。镇长是镇政府负责人，镇党委副书记。
三、工作职责：
乡镇纪委书记工作职责：
1、主持纪委全面工作，协助党委抓好党风廉政建设和反腐败工作;
2、负责制定纪委工作计划，加强督办检查,认真组织实施;
3、经常深入实际,认真调查研究，针对农村基层党风廉政建设中存在的问题及时提出工作改进意见和建议。
4、充分发挥监督职能，加强对乡党委及其成员执行纪律和落实廉洁自律规定情况的监督,确保政令畅通。参与乡党委工作决策、干部任免、项目安排和大额度资金使用等重要事项决定前的酝酿协商;
5、按干部管理有关规定负责组织查办所辖范围内党员干部违纪违法案件。实行重大问题乡纪委集体研究决定、定期向县纪委报告工作;
6、加强对村级纪检组织领导和工作指导，健全和完善村级纪检组织，充分发挥村级纪检组织作用;
7、加强对推进党务公开、政务公开和村务公开情况的督促检查,切实纠正损害群众利益的突出问题;
8、加强对乡村纪检干部教育培训工作;
9、积极完成上级纪检组织和乡党委、政府交办的其他工作任务。
副镇长的岗位职责：
1、坚持“安全第一，预防为主”的方针，认真贯彻安全生产的方针、政策和法律、法规、规定，具体落实安全生产目标和措施。
2、做好辖区范围内分管行业的安全管理，落实安全生产责任，制定和完善安全生产规章制度。
3、及时解决本镇安全生产存在的问题，对事故隐患及时采取治理和防范措施。
4、组织完成上级政府交办的安全生产工作任务，组织和参加安全生产重大活动。
参考资料来源：百度百科-行政级别