御花园的叠石为山，分为两个区域，园中西南部有四组叠石山景，都是以自然山峦为蓝本。依园中位置与环境有正西组合的，有西南弯形和西北斜形组合而成。
叠石参差错落有致，通过线与面的结合，高与低，曲与直，巧与拙，繁与简等强烈对比形成极富变化，有着统一与和谐的独特幽美形式，并构成了多个洋溢着艺术氛围的园林小空间。
山石陪衬与园林建筑嵯岈屈曲，叠石与花草树木相组合形成庭院式的园林，小巧玲珑，古雅别致。“折粮石”南太湖石和产自北京房山的北太湖石为主巧妙配合，多孔多穴，波纹起伏，叠山成“数弓之地，深溪幽壑，势若天成”。
明代曾勉之在《吴风录》中提道：
至今吴中富豪，竟以湖石筑峙奇峰阴洞，至诸贵占据名岛以凿凿而嵌空为妙绝，珍花异木，错映阑圃，虽阁阎下户亦饰小小盆岛为玩。
叠山境美是园林景观的灵魂。
在御花园石种之多也是一大特色。主要的石种有太湖石、英德石、灵璧石、雨花石、海浮石、钟乳石、彩陶石、木化石、晶体石、虎皮石、石英岩和沉积变质岩等，古代四大名石也都在其中。
在天一门前甬路西侧，有一奇石，它以自然形成的纹理表面而见长。这块奇石的表面呈现一位躬身下拜的老人形象，他双手拱起，长袖下垂，虔诚地拜揖天上的星斗，因此人称“拜月石”。
又有传说，图案中的老者是诸葛亮，他正双手拱起，神态专注于天空中的北斗七星，因而又称此石为“诸葛拜北斗”。
海参石置于御花园天一门的东侧，是由一大堆海参状的小石头聚合而成。石高0.76米，高0.25米，整个石体如首尾相连，纠缠盘绕的无数海参。石呈黄褐色，略显半透明，实为难得的精品。
这块奇石因何而形成，已无从考证，但是据有关史料记载，是在明景泰年间增建御花园时所置，其石是一块石英晶簇，确为世间罕见的奇石珍品。
珊瑚石立于御花园天一门的东侧，与西侧另一珊瑚石成双结对。珊瑚石是古代珊瑚虫的石灰质骨骼，经石化作用后形成的化石。这块珊瑚石表面呈鹿茸状凸起，显得十分丰满，仿佛珊瑚仍在茁壮成长。
云盆石又称石鱼池，位于御花园中部，此石长1.9米，色呈青灰，质地疏松，全石如一横卧长盆，中间低凹，如长湖、如云盆，这是在石灰岩的溶洞中长成的奇石。
当水在岩壁上不断地侵蚀、流动时，水中溶解了碳酸钙，含碳酸钙的水慢慢的地蒸发，碳酸钙被沉积下来。又由于水在不断地流动，在沉积的过程中，形成了一个个云片状凹形的波纹槽，这就是云盆的形成过程。云盆在明代时，在每个凹槽内盛水养鱼，因此又称“石鱼池”。
在御花园绛雪轩前面的石座上，挺立着一块高1.3米的厚木板，形似久经曝晒的一段朽木，背面还有无数虫蛀的小孔，但用手一摸它确是石材，是远古的木化石。
这块木化石正面刻有乾隆所题的诗：
不记投河日，宛逢变石年。
磕敲自铿尔，节理尚依然。
旁侧枝都谢，直长本自坚。
康干虽岁贡，逊此一峰全。
题诗的时间是乾隆丙戌正月，已经有200多年了。
在御花园绛雪轩前还有一奇石似龙，此石高0.8米，青灰色，皱襞丰富，线条流畅，形象生动，势似奔腾的青龙，龙首仰视苍穹，不可一世。据考证，是英石中的珍品，扣之有声。
御花园钦安殿西侧，立有一块英石，高约1.48米，宽1.4米，厚不足0.3米，石体变化丰富，似龙似狮，变幻莫测。石表面上部粗糙，下部光滑，沟壑零落。石体青灰，石质严密，击之声音清越。
钦安殿东侧的东便门外，立有一块灵璧石，高1.97米，通体呈矩形，背面切削平整，正面沟壑纵横，凹凸起伏，皆为水流冲刷所致，使人感到自然的造化之功。汉白玉长方形的底座，为元代方台。
御花园东南部有一块太湖石，高约4米，呈上大下小形势。通体孔洞疏落，涡穴浅薄，石质均匀，颜色温润。此石置于砖花台座上。
砖坛采用六角形须弥座结构，砖坛上部环绕砖制钩栏，六角十二柱。据文献记载，此太湖石从异地迁入，但太湖石本身甚为秀美，颇具古风。
御花园天一门西侧有一块状似笋石，通高仅0.8米，青褐两色相间。在我国的古典园林中，笋石通常取细高者，块状的还不多见。此石正面石核全部脱落，正是笋石成熟的标志。此石可能出自云南石林，端严挺立于长方八角形汉白玉须弥座上。
奔兔石位于御花园澄瑞亭外，石高0.42米，色呈黑灰，表面温润，质地坚密，敲之有声。石体隐含白色岩脉，侧视似驻足的奔兔，静中有动，极富情趣。置汉白玉雕石盆中，盆周浮雕有白兔嬉戏林石中间，十分精美。盆下为高腰莲花辨石雕须弥座。
卵石路在御花园的通道上，都以各种颜色的小卵石砌嵌而成各种图案轮廓，这些五色小卵石大部分为各色石英石。每幅图案又有独立的内容，有花鸟虫鱼、人物故事、树木丛林和楼台殿阁等，各尽其妙。总数约900余幅，可以说是古代劳动人民智慧的杰作。
从乾清宫进入幽雅闲逸的御花园，在琼苑西门入口处，红墙边立一太湖石，灰色，高约1.63米，含粗壮红白两色岩脉及结晶体，石体孔洞勾连，变化丰富，整体造型呈昂然上拔之势，太湖石立在雕刻有藩莲缠枝雕花石座上。
在御花园南边入口处有一湖石，高1.8米，上大下小，以底部凸隆为足，叉开成拱形架，立于须弥座台面上，石体涡状重叠，孔洞勾连，玲珑剔透。太湖石下是明代中期六角形弥座，石与座不是原配，这块太湖石可能是后移入此处的。
御花园园内的古树很多，粗略统计大概有160多棵，多数在300年以上，苍松翠柏，千姿百态，各领风骚。
在钦安殿前有一连理柏占据显位，树的两根分别位于故宫中轴线的两侧，于一米多高处合二为一，正值中轴线上方变为一棵。
相传两树自动结伴，心往一处想，坚贞不屈，因而感动了上苍，使之融为一体，人们叫它连理树，象征纯真的爱情，因而引来了天下不少痴情男女与它相拥。
位于堆秀山东侧有一棵古柏，被封为“遮荫侯”。它在园中名气最大。此树高7.8米，树围0.9米。它虽貌不出众，所在的位置也不显赫，但怎么会得此殊荣呢？
相传有一年，乾隆下江南，天气很热，随行的大臣等个个汗流浃背，唯有乾隆爽身惬意。回朝后，乾隆皇帝在园中游玩来到此树前，一太监奉承道：皇上去江南时此树枯萎。皇上一回来此树又茂盛起来了，看来是此树随皇上一同去了江南。
乾隆一想，去江南的路上别人大汗淋淋，而自己却很凉爽，再听太监这么一说，想必此树暗中为我遮阴，不禁心中大喜，便赐封此古柏为“遮荫侯”。后来还为它题写了《柏树行》刻在石碑上，碑就在树旁的搞藻堂西墙上。
园中的名贵古树还有很多，如卧龙松和龙爪槐等，这些古树虽老态龙钟，但还枝繁叶茂，每天迎接着众多人们前来观赏驻足。
御花园为保留最古的宫内苑囿，其景色特点与一般以山水为主题的皇家园林有很大的不同，归纳起来可概括可以分为四点。
一是布局对称严谨。御花园中间有条明确的轴线，主要建筑及园林小品皆相对布置。如花园的西北一带，由位育斋至千秋亭，与园东北一带的璃藻堂至万春亭的建筑，从形式到布局，都采用了一左一右和两两成双的对称式，包括建筑的命名也取东西对仗的办法，如金香对玉翠，浮碧对澄瑞，万春对千秋等。
这种工整的布局，严格的对称，在一般园林建筑中是很少见的，御花园因地制宜大胆采用这一形式，主要是为了与整个故宫布局相协调。
然而，尽管建筑形式与格局如此对称，但由于假山、树木、环境景观的不同处理，却没有给人以雷同的感觉。表现出我国古代园林艺术的高超水平。
二是多古树名木因。花园建造年久，故园内多古松古柏，其美丽如画的姿态，苍翠的绿色，给这座特殊的园林增添了不少古雅之美。
三是建筑的密度高。一般的园林内都有山水等自然风光，但御花园居深宫禁帏，受宗法礼制思想之影响，在总体上仍然是故宫建筑群的延伸，因此，园内建筑很多，亭、殿、馆、所较密集，呈现出一种特殊的园林风貌。
四是彩石路面，古朴别致。园内甬路均以不同颜色的卵石精心铺砌而成，组成900余幅不同的图案，有人物、花卉、景物、戏剧、典故等，沿路观赏，妙趣无穷。