闽南语的分支均源于泉州漳州音系，但由于分化时间的早晚、地理隔阂以及漳泉音的演变等因素，出现了不同程度的差异和变化。闽南语的形成主要源于两次移民潮，移民原因分别为征蛮和避乱。
第一次移民发生在第四世纪的晋朝，部分初级泉州话的形成可追溯到晋朝五胡乱华时期（304-439年）。当时，中原（河南一带）的衣冠八族（詹、林、黄、陈、郑、丘、何、胡）为避难开始迁徙至福建的泉州晋江等流域一带。他们将当时的中原语言（如“有身”、“瞑”、“鳖”、“斟酌”、“鼎”、“箸”等）带到当地，这些语言后来被称为“泉州话”。然而，这次移民数量较少，多数人留在了闽江和木兰溪流域。南朝梁天监年间（502-519年），在南安郡设立以保持闽疆南部安定，治所在今南安市丰州镇，领晋安等三县，辖今之厦门、莆田、泉州、漳州一带。但不久该郡被撤销，直到200多年后的唐朝中期，在今泉州市区第三次置武荣州，不久改名泉州，泉州市区一带的建制才稳定下来。泉州的安溪、惠安、永春、德化在400多年后的五代时才设县。因此，早期的“泉州话”是由第三、四世纪的中原音与“吴楚方言”（如：水薸（phio5）、手ng2、鲎hia）和当地的“越语”（如：loo3（高）、san2（瘦）、lim（饮）、hiu3（洒））融合而成的，这是“白话音”的主要来源，比“读书音”较早形成。
第二次移民发生在唐初，陈政、陈元光父子统治漳州，漳州话的初步形成于唐高宗总章二年（669年）。当时，福建南部蛮夷祸乱不安，朝廷派陈政、陈元光父子南下平乱。平乱后，陈元光被封为福建威武军节度使，这批人带来了七世纪的中古汉语。唐代设立漳州前，当地不过几千户人家，这些人应为唐朝可以控制的农业户口。在他们之外，还有少数蛮僚生活于漳州南部山区。陈元光所率领的唐朝军队与蛮僚为争夺漳州控制权进行了长期的战争，最终唐朝控制了漳州沿海平原等广大地区，而蛮僚被平定。唐代的漳州并不繁华，其发展是在南宋进入第一个高潮。明代独对漳州开放海禁，使其“市镇繁华甲一方，港口千帆竞相发”。
第三次移民发生在第九世纪后期，王潮、王审邽、王审知三兄弟统治福州、泉州等地，泉州话在此时期形成。唐代末年，中国发生黄巢之乱（878年），光州固始县人王潮、王审邽、王审知三兄弟南下平乱。平乱后，王潮被封为福建威武军节度使。这批人带来了九世纪的中原话。明末学者对当时闽南语进行系统整理，著有《汇音宝鉴》，十五音因而诞生。
闽南话的传播不仅限于闽南地区，早已超越省界和国界。在外省传播最广的是台湾。据初步调查，台中、台北稍偏泉州腔，台南、高雄稍偏漳州腔。闽南人移居台湾始于元代，大规模迁移是在17世纪中叶，大量闽南人随郑成功渡海从荷兰侵略者手里收回台湾。300多年来，闽南人和其他地区的汉人，以及高山族同胞一起，开发了台湾这个宝岛。在共同的生活和斗争中，闽南方言始终作为主要交际工具，保留在台湾人民的口中。特别是今天，大陆与台湾的经济、文化等方面的交流更加密切，台湾的父老兄弟不断到大陆寻根、探亲、访友，闽南话显得更加重要。
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