吴佩衡先生的学术思想深受郑钦安火神派影响，其研究重点在于提升人体阳气，特别擅长运用附子，对经典方剂如四逆辈、回阳饮（附子、干姜、炙甘草、肉桂）等有深入实践。他的临床经验丰富，特别是对于疑难重病和因阴寒导致的重症，他常以大剂量附子救治，每剂可达60g，甚至高达250-500g。他的著作丰富，如《中医病理学》、《伤寒论条解》等，多次引用郑钦安的学说，对阴阳辨证法进行了简化和深化，形成了自己独特的十六字寒热辨证法，如寒证特征为“身重恶寒，目瞑嗜卧，声低息短，少气懒言”；热证特征为“身轻恶热，张目不眠，声音洪亮，口臭气粗”。
吴佩衡先生尊崇经方，强调扶阳，他的学术立场扎根于《内经》、《难经》和张仲景的学说。在临床实践中，他注重早期和急症治疗，认为要预防病邪深入。在处理伤寒表症初期，他会根据症状选用桂枝汤、麻黄汤等，对症下药，往往能一剂而愈。对阳虚阴寒病症，他特别推崇《伤寒论》中的“温扶阳气”理念，强调温补先天心肾阳气的重要性。
尤其值得一提的是，吴佩衡在面对附子煎煮不透导致的乌头碱毒性反应时，他创新性地用煮透的附子水或四逆汤加肉桂救治，成功解救了许多病人，这无疑是他学术贡献中的一个亮点。吴佩衡先生作为当代火神派的重要传人和重量级人物，他的学术经验和临床实践对后世研究扶阳学术思想具有深远影响，对云南中医事业的发展也起到了积极的推动作用。
云南四大名医之一，精辨寒热、十六字诀，推重阳气、擅用附子，崇尚经方、善用峻药，独步医林，为后世学习火神派的扶阳学术思想留下了重要的学术经验，可谓是当代火神派的重要传人之一。