天汉三年（前98年）
司马迁48岁，因替李陵辩护而以“诬罔主上”的罪名被判了宫刑。正像他在
《报任安书》中所说：“行莫丑于辱先，诟莫大于宫刑”，蒙受宫刑确实是一种奇耻大辱。
孔夫子特别教人要“有耻”（《论语·子路》）要“远耻辱”（
《论语·学而》）。孟子也说：“耻之于人大矣”（《孟子·尽心》）。可见知耻在儒家传统中是一种很重要的道德观念。司马迁《报任安书》的中心便是阐述自己的耻辱观，抒发忍辱含诟的愤懑心情。他反复地说自己是“身残处秽”，“大质已亏缺”。身受腐刑给司马迁造成的精神折磨远远超过了肉体的痛苦。他认为“太上不辱先，其次不辱身，其次不辱理色，其次不辱辞令，其次诎体受辱，其次易服受辱，其次关木索、被箠楚受辱，其次剔毛发、婴金铁受辱，其次毁肌肤，断肢体受辱，最下腐刑，极矣。”有不同方式各种程度的受辱，而被处以腐刑则是最大的耻辱。这种耻辱加给司马迁的精神压力极为沉重，他“肠一日而九回，居则忽忽若有所亡，出则不知其所往。每念斯耻，汗未尝不发背沾衣也”。
“士可杀不可辱”，历来多少人因为不肯屈服暴力或不愿交刑之辱而自决自裁，伯夷、叔齐因耻食周粟而饿死于首阳山，
屈原因政治理想破灭不甘受亡国之辱而投江自沉，
项羽垓下兵败因不愿为刘氏阶下囚而自刎于乌江，周亚夫被捕入狱，不甘受辱，绝食五日呕血而死，飞将军李广因“不能复对刀笔之吏”而引刀自刭。但司马迁却“就极刑而无愠色”，“忍隐苟活，出于粪土之中而不辞。”在宁死不辱和生而就辱的生与死的双趋冲突面前，他没有去死，而选择了更为艰难的生。是什么动机促使他做了这样的决择呢？是因为他有一个层次更高的目标和信念，即“恨私心有所不尽，鄙陋没世而文采不表于后世也”，他要最终完成
《史记》，并“藏之名山，传之其人，通邑大都，则仆偿前辱之责，虽万被戮，岂有悔哉？”他认为在《史记》未完成时便伏法受诛，那就死得轻如鸿毛。而完成《史记》，传诸后世则可以“偿前辱之责”，即弥补宫刑之辱，实际上，这种雪耻意识乃是一种特殊的报负心理。司马迁在受宫刑之后，他只具有强烈的耻辱感，却没有丝毫的负罪感。在《报任安书》中他说自己是在“舒愤懑”，他解释自己所以为李陵辩护，是因为“见主上惨怆怛悼，诚欲其款款之愚”，“欲以广主上之意”。他同李陵“趣舍异路，未尝衔杯酒，接慇懃之余欢”，并不是循私情为李陵游说。而对这种“拳之忠”，“明主不晓”，竟下于大理，在当时，他即家贫，不能以钱自赎，又无亲戚朋友相救，所以被判处了残忍的腐刑。他始终认为自己是无辜的；所以感到冤屈愤懑不平。
《太史公自序》对于受刑之事，他说：“是余之罪也夫！”这其实正是一句不罪的话。正是这种雪耻平辱的意识，支持他弃死就生，忍隐苟话，一心发愤著书，以扬名于后世。
司马迁决定采取这一意志行动时，是以一个史学家的特质去思考判断的。他考查、分析了两种历史现象，一是想到了许多历史人物身为王侯将相，却也难以避免受刑被囚的事实。像“淮阴，王也，受械于陈；彭越、张敖，南面称孤，系狱抵罪，绎侯诛诸吕，权倾五伯，囚于请室；魏其，大将也，衣赭衣，关三木；季布为朱家钳奴；灌夫受辱于居室。”这些人都是在汉朝的严刑酷法下被杀受辱的。而自己不过是一介书生，区区史臣，若伏法受诛简直和蝼蚁一般。这样比较之后，他便可以找到一种心理平衡。二是想到许多历史人物，身逢厄运而矢志不屈，终于成就了不朽之业。他说：“文王拘而演《周易》；仲尼厄而作《春秋》；屈原放逐，乃赋
《离骚》；左丘失明，厥有《国语》；孙子膑脚，《兵法》修列；不韦迁蜀，世传《吕览》；韩非囚秦，《说难》、《孤愤》；《诗》三百篇，大抵圣贤发愤之所为作也。”垂名后世的许多名著，都是在受委屈，遭污辱的境遇下创作出来的。他又从古人的事例中汲取了自我激励的力量，坚定了忍辱而生，完成《史记》著述的决心。为了实现这愿望，他“虽万被戮，岂有悔哉！”司马迁这一决心的树立是有着理智的思想基础的。而在后人心目中的司马迁却只是一位伟大的文学家、史学家，恰恰忽略了他还曾是一个受过腐刑的罪臣。
司马迁的耻辱感和雪耻意识成为他创作《史记》的动力，也形成了他写作《史记》的特殊心理。在这种耻辱感和雪耻意识的影响下，他记录和赞扬了许多能够卓有远见、弃小存大或矢志复仇的历史人物。像
韩信早年在淮阴忍受屠中少年胯下辱，后来才能拜将封侯；越王勾践卧薪尝胆身为奴隶在所不辞，终于消灭吴国，昭雪了世仇；
伍子胥“弃小义，雪大耻”，鞭荆平王墓；季布“摧刚为柔”终为汉臣；公孙杵臼掩护赵氏孤儿等等，都体现了一种雪耻意识。这种雪耻意识，并非出于一种以眼还眼、以牙还牙的简单报复心理，在某种意义上说，雪耻比报复更高一层次，反映到《史记》创作中，司马迁没有赞扬李广对霸陵尉的报复行为，反而赏识忍胯下之辱的韩信不杀屠中少年的胸襟，赞赏那些忍辱负重，成就大业的人物，就司马迁而言，他的雪耻方式就是创作《史记》，“藏之名山，传之其人，通邑大都”。
一部《史记》虽是写始自三皇五帝以来的历史，虽是要“通古今之变”，但他却大量地写了当代历史，从汉朝的始祖到
武帝，他都不是一味地歌功颂德，而是收集了丰富的资料，以实录的精神记载了汉朝立国一百年间的历史，他批判汉儒，谴责诸侯王的叛乱，惋惜对匈奴用兵“建功不深”，尤其是揭露了高祖的狡诈，武帝的凶残，这些都说明他对
汉王朝并不怀好感。那种雪耻意识，使得他不肯趋时苟合地去罗织统治者的功绩掩饰其内部的黑暗、丑恶，而是有勇气“不虚美，不隐恶”，去如实地给统治集团曝光，正由于他有满腔愤懑，怀着一种雪耻意识去创作《史记》，所以才能成就一部光照千古的信史，才被
鲁迅称为“史家之绝唱，无韵之《离骚》”