西南交通大学信息科学与技术学院的历史，从学科、专业建设和发展的历程来看，可上溯至新中国成立前后。 1949 年学校开办电机系，于当年秋季开始招生，首届招收有电机工程本科电力组（发电厂与动力专业）和电讯组（通信专业），二年制铁路信号专修科和铁路通讯专修科。 1950 年，著名电磁理论与天线专家任朗教授被聘任为系主任。 1952 年春，中国科学院院士曹建猷教授被任命为系主任。后因全国范围高等院校的院系调整，通信信号类的学科调整合并至其他院校。 1959 年，以著名电机专家姚皙明教授和著名的计算机专家潘启敬教授为学科领头人，开办了无线电专业、计算技术专业和自动化专业。 1962 年又因贯彻 “ 调整、巩固、充实、提高 ” 方针，前两专业各毕业一届学生后暂时停办。
1976 年，教育重获新生，原电机系改称电气工程与计算机科学系，曹建猷院士仍任系主任。同年，重办自动控制专业。 1978 年，在曹建猷教授和潘启敬教授的领导和组织下，重办计算机及应用专业。
1985 年，电气工程与计算机科学系一分为二，成为电气工程系和计算机科学与工程系。其中，计算机科学与工程系主要致力于电子与信息等弱电学科建设，首任系主任为朱怀芳教授。与此同时，成立了计算机应用与信息工程研究所，潘启敬教授任首任所长。 1987 年创办信息工程专业。 1993 年初又新办通信工程专业。同年，由计算机科学与工程系扩建为计算机与信息工程学院，朱怀芳教授任院长。 1994 年，学院更名为计算机与通信工程学院，同时，电磁场与微波技术研究所并入学院。
1997 年，全国高校本科专业目录调整后，院属 4 个本科专业分别成为计算机科学与技术（原计算机及应用）、自动化（原自动控制）、电子信息工程（原信息工程）、通信工程。 1998 年，学院对学科和专业布局进行了调整，在院内设立了计算机科学与技术系、通信与信息工程系、自动化系及电磁场与微波技术研究所、电子信息实验中心等教学组织单位。其中通信与信息工程系于 1999 年底又分为通信工程系和电子信息工程系。 2001 年底，电磁场与微波技术研究所并入理学院。 2002 年底，计算机科学与技术系又分为计算机科学与技术系和软件工程系。
学院于 1979 年招收计算机应用专业的硕士研究生，紧接着首批获得计算机应用技术、电磁场与微波技术硕士学位授予权的学位点；于 1994 年获得交通信息工程及控制硕士点；于 1996 年获得通信与信息系统硕士点、密码学硕士点；于 1998 年获得交通信息工程及控制博士点，电子信息工程硕士点；于 2000 年获得通信与信息系统博士点、电磁场与微波技术博士点，计算机软件与理论硕士点、信号与信息处理硕士点。
20 世纪 90 年代期间，学院还根据学科建设和科学研究的需要，先后成立了计算机应用与信息工程研究所、神经网络与信息技术研究所、光通信与光器件研究所、计算机安全与通信保密研究所、移动通信研究所、软件工程研究所、信号与信息处理研究所、交通信息工程及控制研究所、控制理论与控制工程研究所和虚拟现实研究中心等科研机构。
在学院发展史上，有一批对学院成长发展过程中，起过重要作用和作出过重大贡献的专家和学者，除曹建猷院士、任朗教授、姚皙明教授、著名计算机网络技术专家潘启敬教授外，还有著名信息论专家、全国 “ 五一 ” 劳动奖章获得者、国家有突出贡献专家靳蕃教授，首任系主任、院长朱怀芳教授（任期为 1985 年 3 月至 1993 年 11 月），著名微机应用专家、第二任院长诸昌钤教授（任期为 1993 年 11 月至 1998 年 11 月），国家有突出贡献专家、第三任院长范平志教授（任期为 1998 年 11 月至现在）等。
