垂直根是与土表大体呈垂直方向向下生长的根系，大多是沿着土壤中的缝隙、蚯蚓及其他动物的通道向前伸展。果树根系的深浅依树种、品种、砧木、土层厚度及其理化性状等不同而异。如核桃、山核桃、银杏、香榧、柿的根系最深；梨、苹果、枣、葡萄、甜橙次之；桃、李、石榴、香蕉、凤梨较浅，垂直根不发达；果树砧木，通常乔化砧的垂直根远超过矮化砧；山地生长的果树根系生长受土层深浅和岩基分化程度的影响很大，山地土层薄，多数根系分布比平地的浅，地上部与地下部的比例（T/R值）一般比平地生长相对较小，但抗旱能力却较强；在土质疏松、通气良好、水分和养分充足的土壤中，根系发育良好；在地下水位高或土壤下层有黏盘层、砾石层的条件下，根系下扎明显受阻。据浙江农业大学（1964）对徐州果园调查结果表明，在地下水位高的一级阶地的苹果，其根系分布于1.0米土层内；在土层深厚、地下水位低的二级阶地，根系可深达3.6米以上。一般入土深度常比树高小。例如，苹果根系，在一般平原土壤中分布深度为树高的40%～70%，而在瘠薄的山地仅为树高的10%～20%，但却常能见到有较少量的骨干根可以深扎入心土岩石的裂缝中。