法律分析：在编教师绩效工资学校扣除是合理的。是否合法应由以下因素决定：
1、关于扣减绩效的规定是否经过职代会或者全体职工大会通过，假如没有，这项规定就不合法；
2、你在入职前公司是否告知你关于绩效工资如何扣减的规定，假如没有，这项规定对你来说不合法；
3、关于扣减职工绩效工资是否向职工告知并提出绩效改进方案，假如没有虽然合法但不合理。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。任。